如何对待墨菲斯，尼奥、崔尼蒂和坦克产生了分歧，墨菲斯掌握着人类最后的据点锡安主机的登陆密码，如果密码泄露。母体可能对锡安造成致命的威胁，因此坦克主张拔掉墨菲斯链接矩阵世界的插头，以他的死来保证锡安的安全。尼奥却执意要去救回墨菲斯，最终崔尼蒂跟他同行。
尼奥和崔尼蒂在准备枪械武器，史密斯特工则在审问墨菲斯。尼奥和崔尼蒂杀入了大楼，与上百名警卫激烈交火，双方隔着一段距离猛烈开火，子弹仿佛空气一般密集，弹壳如同雨点一般落下，大楼的廊柱被子弹打成蜂窝，又变成碎块，大理石和混凝土碎块四散飞溅。
在矩阵的虚幻世界中，牛顿的棺材板早已被碾压成了齑粉。尼奥和崔尼蒂向着警卫们冲去，闪电一般杀入到了人群中。尼奥黑墨镜、黑风衣，动作花哨而迅猛。崔尼蒂黑墨镜、黑色紧身皮衣，出手迅捷而凌厉。两人枪械结合近身搏击，完全颠覆了好莱坞式的传统动作模式，将潇洒、酷帅和漂亮性感的一面发挥到了极致。
尼奥和崔尼蒂杀入了大厅，乘坐电梯向着顶楼进发，安放的炸弹接连爆炸，几乎摧毁了大厦的下半部分。尼奥和崔尼蒂跑到楼顶，在直升飞机前遇到了特工的阻拦。
“崔尼蒂，帮我！”
子弹从特工的枪口中射出，尼奥后仰躲避，镜头瞬间放慢，却偏偏又感觉很快，子弹的飞行轨迹清晰可见，镜头围绕尼奥三百六十度旋转，将每一个细节都展现了出来。
经典的子弹时间让台下观众一片哗然。
“这是怎么拍出来的？”刘雨霏低声向身边的科比问道。
“拍摄时，用120架照相机精确地摆放在一条由电脑追踪系统设定的路线上，然后让这些相机的快门按照电脑预先编程好的顺序和时间间隔开始拍照，之后把各个角度拍得的照片全部扫描进版电脑，由电脑对相邻两张照片之间的差异进行虚拟修补，这样就能获得360度镜头下拍摄对权象的连贯、顺滑的动作，最后再由电脑将该连贯的动态图象与背景融合，才有了我们看到的子弹时间。”
科比简单解释完后，刘雨霏一脸懵懂的看着他，仿佛在说，尽管不知道你在瞎掰什么，但听起来好厉害的样子。
电影逐渐走入了尾声，尼奥和史密斯的大战充分诠释了什么是秒到巅峰的华丽动作。
最终真爱拯救了男主，当崔尼蒂吻了现实世界中的尼奥，尼奥复活，并开启了无敌模式。史密斯三名特工射向他的子弹被他轻松定格在了身前，冲上来近战的史密斯根本不堪一击，动作相比尼奥，慢的像是蜗牛。
最终，尼奥腾身而起，将代表史密斯的这段代码撕成了碎片，另外两名特工落荒而逃，尼奥也在千钧一发之刻，返回了现实世界。
“我知道你们在哪里，我能感受到你们，你们害怕了，你们怕我，你们怕改变……我要让所有人见证真实的世界！”
尼奥对母体讲完这段话后，一飞冲天，影片就此结束。
字幕落下，掌声雷动，剧院中灯光再次亮起，所有剧组人员走上舞台谢幕。
科比走出剧院时，接受了记者们的采访，说的全是关于电影的问题，他拒绝聊关于总决赛的话题，毕竟此刻《黑客帝国》是第一位的。
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