跨界防御部队的组建工作也在稳步推进，首批一万名精英战士已完成选拔，进入“跨界防御训练基地”接受专项训练。训练内容包括域外能量环境适应、域外规则抵御、跨界战斗技巧等，由曾参与临界区探索的核心成员亲自授课。训练合格后，战士们将被部署到多元宇宙边缘的十个关键防御点，构建起第一道抵御域外空间的防线。
就在联盟积极应对域外空间威胁时，本源文明研究学院传来了一个重大发现——学院的学员在解读本源记忆水晶的深层信息时，发现了关于“本源文明分支”的记录。记录显示，在本源文明衰落前，部分掌握核心本源技术的成员，乘坐“本源方舟”前往了多元宇宙深处的“未知本源星域”，试图在那里重建文明，并继续研究本源能量再生技术。
“未知本源星域是多元宇宙诞生时形成的特殊星域，那里的本源能量浓度是其他区域的百倍，且存在着大量天然的本源能量再生节点。”林婉儿通过超验生命能量，结合记忆水晶的信息，定位出未知本源星域的大致范围，“如果本源文明分支仍在那里存续，他们很可能已经完善了本源能量再生技术，这对我们推动多元宇宙的可持续发展具有不可估量的价值。”
赵家麟决定，组建“本源方舟探索舰队”，由“全域号”担任旗舰，带领五十艘配备最先进跨界防御系统与本源探测设备的战舰，前往未知本源星域，寻找本源文明分支的踪迹。舰队出发前，本源文明研究学院的学员们提供了大量关于本源方舟的特征信息——方舟由纯本源晶体打造，能释放出独特的“本源文明信号”，这种信号与普通的本源能量信号有明显区别，可通过特制的“本源信号探测器”识别。
舰队驶入未知本源星域后，周围的本源能量浓度果然远超其他区域，舰体的本源-超维度防御罩甚至能自动吸收周围的本源能量，补充自身消耗。星域中的行星大多由本源晶体构成，表面流淌着天然的本源能量流，形成一道道璀璨的“能量长河”。
林婉儿通过超验生命能量，在星域中不断搜索本源文明信号；超维度主则利用超维度探测技术，扫描周围的空间，寻找本源方舟可能留下的痕迹。经过十天的探索，舰队终于在星域中心的“本源恒星系”中，探测到了微弱的本源文明信号——信号来自恒星系第三颗行星上的一座“本源晶体建筑群”。
舰队靠近这颗行星时，发现建筑群的风格与本源文明主城遗迹高度一致，建筑表面刻满了熟悉的本源符文。建筑群的中心，矗立着一艘长达十万公里的巨型晶体飞船，正是本源记忆水晶中记载的“本源方舟”。方舟的表面虽有部分破损，但依旧散发着稳定的本源能量，证明其内部仍在运转。
“这里的本源能量再生技术已经相当成熟。”林婉儿通过超验生命能量感知到，行星表面分布着上万座天然的“本源能量再生泉”，泉中不断涌出新生的本源能量，形成稳定的能量循环；建筑群中还存在着大量人工建造的“本源能量再生装置”，这些装置的技术水平远超联盟目前的研发成果，能将本源能量的再生效率提升十倍。
舰队在行星表面平稳降落，赵家麟带领一支外交小队，穿着本源防护甲，前往本源方舟。方舟的入口处，站着两名由本源晶体与本源能量构成的“本源守卫”，他们的形态与本源文明主城遗迹壁画中的本源战士一致，周身散发着警惕的本源能量波动。
“你们是谁？为何闯入本源文明分支的领地？”为首的本源守卫通过本源能量传递意识，语气中带着明显的戒备。赵家麟释放出温和的本源能量，表明来意：“我们来自跨宇宙平衡联盟，是多元宇宙各个文明的集合体，致力于维护多元宇宙的本源平衡。我们从本源文明的遗迹中，了解到你们的存在，希望能与你们交流合作，共同推动本源能量技术的发展，守护多元宇宙的未来。”
本源守卫将赵家麟等人带到方舟的“本源议会厅”，这里坐着十名本源文明分支的“本源长老”，他们是分支文明的最高决策者，周身散发着古老而强大的本源能量气息。长老们通过本源记忆水晶，验证了赵家麟等人的身份与联盟的宗旨后，逐渐放下戒备，向他们讲述了本源文明分支的历史。
“当年，我们的祖先乘坐本源方舟，来到这片未知本源星域，发现这里的本源能量极其充沛，且存在天然的再生节点。”为首的本源大长老通过本源能量传递意识，“我们花费了数万年时间，完善了本源能量再生技术，建立了稳定的文明体系。但我们始终没有忘记本源文明的使命——守护多元宇宙的本源平衡。这些年来，我们通过方舟的探测设备，观察到多元宇宙的本源平衡曾多次面临危机，却因星域与世隔绝，无法提供帮助，只能默默提升自身的技术，等待合适的时机与外界文明重逢。”
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