型月的世界并不唯一，第二法的出现已经证实存在着复数的平行世界。
而在众多平行世界中，有着一个正在迈向毁灭的世界。
在那里，星球的生命之源——大源魔力，正不可逆转地枯竭。
山峦失去色彩，河川不再奔流，万物都笼罩在一片死寂的灰色之中，人类的文明也如同风中残烛，摇摇欲坠。
为了拯救这濒临灭亡的世界，魔术师们孤注一掷，构想出了一个名为“圣杯战争”的救济仪式。
然而，另一个世界的虽然也有着制作圣杯的“御三家”的存在，却并没有爱因兹贝伦家族，反而名为恩兹华斯家族。
不同于爱因兹贝伦家族的人造人技术，恩兹华斯家精通是名为“置换”的魔术。
因此，他们所构建的圣杯战争，并非通过繁琐的咏唱与圣遗物召唤英灵，而是将英灵的力量通过一张张特制的“职阶卡”链接起来。
手持卡片之人，可以“限定展开”，在一瞬间借用英灵宝具那毁天灭地的威能；也可以进行“梦幻召唤”，将自身与卡片中的英灵融合，化身为行走于大地的神话。
但无论仪式如何变迁，举行圣杯战争的核心——“容器”，是不可或缺的。
而朔月美游，正是为了这场战争而降生的、完美的圣杯容器。
她并非被改造成圣杯的人类，而是生来便拥有圣杯形态与人格的“神稚儿”，拥有着能无差别实现任何愿望的、神明般的力量。
但奇迹总是短暂的，如同昙花一现般。
相传“神稚儿”的能力会在七岁时消失。
所以，在她即将六岁那年，有人在第四次圣杯战争诱导走向灾难性的结局。
不知何处而来的黑雾，如同贪婪的巨兽，吞噬着整个冬木市。
城市在哀嚎，幸存者们在绝望中祈祷着奇迹。
尚且懵懂的美游，无意识地听到了这些悲鸣，她回应了人们“想要活下去”的愿望，以自己的力量驱散了吞噬冬木市的黑雾。
这一幕，恰好被前来调查灾难的卫宫切嗣与他年幼的养子卫宫士郎所目击。
等到两人来到白光扩散的中心，却发现只有一个安然无恙的小女孩。
切嗣从那神迹般的光芒中，看到了实现自己“拯救多数人”理想的希望。
由于这个小女孩的所有家人都死于灾害，他便收养了这个女孩，赋予她“卫宫美游”之名，计划着将她作为拯救世界的最终道具。
即便切嗣知道眼前的女孩就是“人形许愿机”，即便得到了美游，却不知道如何使用。
为此切嗣只能日以继夜的查阅资料，而美游则是由士郎照顾。
士郎将美游视作了妹妹，但切嗣却教导士郎要将美游视作工具。
可卫宫切嗣还未找到使用“神稚儿”的方法，身体却率先支撑不住，直至死亡，切嗣也未成功。
自切嗣过世后，抚养美游的责任便落在了士郎肩上。
在士郎的教导下，美游学会了人类世界的知识，但她的内心却始终如同一口被封锁的古井，没有丝毫波澜。
她就像一个精致的人偶，无法理解何为喜悦，何为悲伤。
然而，在与士郎日复一日的相处中，坚冰终有融化的一刻。
五年的时光，少年笨拙却真挚的关怀，一点点渗透进她空洞的心。
一种名为“依恋”的感情，悄然萌芽。
在一个繁星满天的夜晚，美游凝视着夜空中那与士郎发色相近的橘色星辰，第一次，发自内心地许下了属于自己的愿望：“如果……能和哥哥成为真正的亲兄妹，就好了。”
“神稚儿”用最后的力量瞬间回应了她的心声，她那血红色的双瞳，悄然染上了与士郎如出一辙的温暖橘黄。
美游希望恩能够和士郎做真正的兄妹，士郎也将美游视作最重要的家人。
两人为了彻底告别过去，一起来到了最初相遇的地方。
但正是这个举动，敲响了第五次圣杯战争的钟声。
两人在这里遇到了等候已久的朱利安，而美游也被朱利安掳走。
虽然朱利安知道美游失去了许愿的能力，却认为仍是很好的圣杯容器。
而卫宫士郎在樱的帮助下，获得了一张职阶卡Archer。
接连的战斗，让士郎知晓了朱利安的愿望——那便是拯救这个即将毁灭的世界。
只是拯救世界，必然需要牺牲掉美游。
而这个世界的士郎面对拯救世界，需要失去至亲之人时，选择了保护至亲之人。
即便背弃切嗣的遗愿，即便背叛整个世界也在所不辞。
这一刻，士郎不再是正义的伙伴，而是一个希望妹妹幸福的亲人。
那一夜，他以凡人之躯，一夜之间击溃了所有参与战争的敌人，打穿了这场围绕着妹妹展开的残酷仪式。
意志如铁，背弃理想，失去一切，透支未来，为妹而战，强如鬼神。
那一夜，他赢得了圣杯，也赢得了向“圣杯美游”许愿的权力。
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