织田信广与织田秀成在乱局中被讨死，首级被割下高高举起，以此彰显复仇之力。为了保护织田信广与织田秀成，织田军阵型变动极大，士卒相互踩踏，混乱不堪，被这八百余一揆众趁机斩杀，造成了近千人的伤亡。
要知道，这八百余一揆众，早已是强弩之末，却在绝境中造成了如此巨大的损失，这是织田信长万万没有想到的。当织田信广与织田秀成被讨死、织田军伤亡近千人的消息，传到耳中时，织田信长陷入愤怒之中。
这份耻辱与愤怒，让织田信长失去理智。他双目赤红，咬牙切齿，对着身边家臣怒吼道：
“这群逆贼，定要将他们挫骨扬灰，让其永世不得超生！”
愤怒之下，织田信长下达了更为残酷的命令，将长岛与中江两座城砦用栅栏层层包围，一层又一层，密不透风，确保留在两座城砦中的人，一个都无法逃脱。同时命人筹集大量油脂柴火，堆积在城砦周围，准备将两座城砦彻底焚毁，将里面的所有人全部烧死。
织田军运来大量栅栏，围绕着长岛与中江两座城砦层层铺设，将其围得水泄不通。同时将筹集到的油脂，均匀洒在城砦墙壁、屋顶以及周围地面，再将柴火堆积在一旁，只待织田信长一声令下，便点火焚城。
此时，留在城砦中的还有近两万人，多是残存一揆众及长岛僧兵的家属，以及一些不愿投降的百姓。他们察觉到织田信长要焚城后，陷入了极度的恐慌之中，纷纷涌向城砦大门，想要冲破栅栏逃离此地，却被织田军用长枪刀剑阻挡，无数人倒在栅栏下，鲜血染红地面。
织田信长站在远处高地，冷漠注视着一切，眼中没有丝毫怜悯，只有复仇怒火。他缓缓抬手下令点火。随着一声令下，织田军纷纷点燃手中火把，扔向堆积在城砦周围的柴火与洒有油脂的墙壁。
瞬间，大火燃起，如两条火龙，迅速蔓延至整个城砦，火光冲天，浓烟滚滚，整个长岛笼罩在一片火海之中。大火中，传来人的哀嚎声、惨叫声与绝望的哭喊声。老人的哀嚎、孩子的啼哭、妇女的哭喊，交织在一起令人心碎。
城砦中人被大火包围，四处逃窜，却无论如何，都无法冲破层层栅栏，只能在火海中挣扎、哀嚎，最终被活活烧死。火焰灼烧的剧痛，浓烟呛入的窒息感，让他们在绝望中痛苦死去。
直到第二日清晨，火势才渐渐平息。长岛与中江两座城砦，被大火烧成一片废墟，只剩下焦黑的断壁残垣，空气中弥漫着烧焦的尸体气味，刺鼻难闻，令人作呕。近两万人众被活生生烧死在城砦中，地面上布满了焦黑的尸体。有的蜷缩一团，有的面目狰狞，烧得面目全非，无法辨认，场面极其惨烈，比之于火烧比睿山延历寺有过之而无不及。
比睿山延历寺的焚毁被世人诟病为“佛敌”之举，而长岛焚城更是将织田信长的残酷狠辣，展现得淋漓尽致。长岛，如今变成了比延历寺还要恐怖的人间炼狱，焦黑的废墟之下，埋藏着近两万条生命，也埋藏着净土真宗在长岛的所有希望。
大火平息后，织田信长遣人前往废墟，清理残余人员，确保没有人能够存活。士卒在废墟中穿梭，清理着焦黑的尸体，将那些尚未完全烧死的人斩杀，彻底断绝所有生机。经过数日清理，长岛与中江两座城砦，再没有任何生命迹象，只剩下一片死寂与荒凉。
随着长岛与中江两座城砦的焚毁，残存的一揆众与长岛僧兵被彻底歼灭，再没有任何抵抗力量。困扰多年的长岛一向一揆，终于被成功灭绝，第三次长岛征伐也自此结束。织田信长站在废墟之上，望着眼前的一片焦黑，眼中没有丝毫波澜，仿佛眼前的惨烈景象与他无关。
织田信长的心中仇恨得以宣泄，前两次长岛征伐的耻辱得以洗刷。对他而言，这场征伐的胜利，不仅是军事上的胜利，更是对所有反抗织田家权威之人的震慑。任何敢于反抗、挑衅的人，无论是什么身份，无论有多少人，最终都只会落得个灰飞烟灭的下场。
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