足利义昭本就是负气兴兵，根本没有做好与织田信长决战的准备。此时的他终于意识到，自己的一意孤行不过是徒劳，自己根本无法与织田信长抗衡，继续抵抗只会落得死无葬身之地的下场。
足利义昭果断选择投降，他打开榛岛城，身着素服请降。他的这番操作给织田信长出了一个难题，看着眼前这位反复无常、冥顽不灵的将军，心中满是恼怒，却又无可奈何。若是将足利义昭诛杀，固然能彻底消除隐患，却会背负“弑君”骂名，遭到天下指责，不利于树立天下人的权威，甚至可能会激起更多反抗；若是再次讲和，又担心他会故技重施，继续制造麻烦。
经过一番权衡利弊，织田信长最终决定，不与足利义昭冰释前嫌，也不再将他放回二条御所，而是将其放逐至三好义继麾下的若江城，交由其看管，剥夺所有实权，只保留其征夷大将军的空壳官位，希望他在若江城度过余生，再无法兴风作浪。
当足利义昭被送往若江城，被三好义继看管起来的那一刻，标志着延续了二百三十七年的室町幕府，彻底灭亡。自足利尊氏建立室町幕府以来，历经十四代将军，曾辉煌一时，掌控天下，可随着时代变迁，幕府日渐衰落，诸侯割据，战乱不断，最终走向覆灭。
室町幕府灭亡是时代发展的必然，也是织田信长天下布武之路的里程碑。为了彻底树立自己天下人的影响力，巩固自己在畿内的统治，织田信长请求朝廷立刻改元，废除当前的元龟年号，改为天正，以此昭示天下新时代即将来临，一个以织田信长为核心的新秩序即将建立。
织田信长当即派遣重臣前往京都皇宫，面见天皇呈上改元请求。此时的朝廷早已被织田信长所震慑，根本不敢拒绝请求，很快便批准改元提议，正式宣布废除元龟年号，改元天正作为新的开端。
与此同时，此前跟随足利义昭的幕臣见室町幕府已然灭亡，足利义昭被放逐，天下大势已定，也纷纷改变立场投靠织田信长。以细川藤孝为首的幕臣率先返回京都，表示愿意辅佐织田信长，为其天下布武之路效力。
织田信长深知细川藤孝等皆是幕府重臣，熟悉幕政与京都事务，若能将他们收为己用，对于自己掌控京都、稳定畿内有着极大帮助。因此欣然接受，将他们纳入自己麾下，继续负责京都的政务与治安，统一归坂本城城主明智光秀节制，以此维持对京都的绝对控制。
天正元年初春，京都樱花再度绽放，点缀着这座饱经战火的都城。尽管足利义昭征夷大将军的官位，依旧名义上存在，依旧被保留着，可早已失去所有实权，沦为一个被看管的傀儡，再无法左右天下局势。
而以织田信长为代表的新秩序，在日本正式宣告开始，安土桃山时代到来。
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