次日清晨织田信长便率大军，浩浩荡荡的离开京都，返回美浓岐阜城。看着织田军远去的背影，足利义昭心中感慨万千。他越发坚信，织田信长就是这世间难得的忠臣！既然织田信长无意争夺权力，那自己便可以放心大胆的行使将军权力，搭建幕府体系，重振幕府荣光。
织田信长离开后，足利义昭立刻开始着手整顿京都秩序，搭建幕府架构。他首先召集留在京都的幕臣和近畿的豪族，召开了一场盛大的议事会议，在会上正式宣布行使将军权力，着手恢复幕府的各项制度。
摄津国作为近畿的战略要地，也是此前三好家的核心领地，局势最为复杂。为了稳定摄津局势，足利义昭首先将目光投向了当地豪族。池田家是摄津老牌豪族，在织田信长出兵摄津时，池田胜正主动归降，为织田军顺利平定摄津立下功劳。伊丹家则是摄津的另一大豪族，虽然在三好家统治时期一度受压，但始终保有一定实力，在织田军到来后也迅速归降。
足利义昭召见了池田胜正和伊丹家当主伊丹亲兴，对他们说道：“你们二人在摄津素有威望，此次主动归降，协助平定摄津，功劳不小。本将军决定，对你们的领地予以安堵（确认领地所有），同时任命你们为摄津守护，负责镇守摄津各地，维护地方。”
池田胜正和伊丹亲兴闻言，大喜过望，连忙跪地谢恩：“多谢将军大人恩典！定当恪尽职守，镇守摄津，绝不辜负将军大人的信任！”
除了池田家和伊丹家，足利义昭还将目光投向了跟随自己而来的旧部。和田惟政原本是六角家的家臣，在六角家覆灭后，便毅然跟随足利义昭，也可谓忠心耿耿。足利义昭深知和田惟政的能力，也明白他对自己的忠诚，当即下令：“和田，跟随多年，忠心可嘉。现命你率领部众，接管摄津境内原属三好家旧领，同时兼任摄津守护，与池田胜正、伊丹亲兴共同治理摄津，你等三人要确保摄津局势稳定。”
和田惟政没想到自己能获得如此重用，激动得热泪盈眶，当即躬身领命：“多谢将军大人提携！定当竭尽全力，管好三好旧领，协助池田大人和伊丹大人，守护摄津！”
任命三位摄津守护，是足利义昭的精心布局。池田家和伊丹家是当地豪族，熟悉摄津情况，能够快速稳定地方；和田惟政则是自己亲信，能够代表幕府意志，同时制衡池田家和伊丹家，防止任何一方势力过大，威胁幕府统治。
这一安排，既安抚当地豪族，又巩固幕府对摄津的控制，可谓一举两得。
处理完摄津事务后，足利义昭将注意力转向河内国。河内国与京都相邻，地理位置极为重要，是京都的南方屏障。此前，河内国被三好家控制，三好义继投诚后，仍暂居饭盛山城。此外，曾经的河内守护畠山高政，在与三好家争斗失利后躲藏纪伊国，等待复出机会。
足利义昭当即派人前往纪伊国，召畠山高政返回河内。畠山高政得知消息后欣喜若狂，立刻带着亲信返回京都。见到足利义昭后，畠山高政痛哭流涕，诉说着自己这些年的遭遇，以及对三好家的仇恨。
“高政，不必悲伤。”足利义昭扶起畠山高政，温言安慰道，“如今三好家已败，你身为河内名门畠山家的后裔，理应重返河内，执掌领地。本将军决定，任命你为南河内守护，返回河内高屋城，镇守南河内。”
“多谢将军大人！多谢将军大人！”畠山高政再次跪地谢恩，心中对足利义昭充满感激。
随后，足利义昭又召见了三好义继。三好义继虽出身三好家，但他是足利义昭的妹夫，且在关键时刻投诚幕府，对足利义昭复位也有一定助力。足利义昭看着眼前的妹夫，语气温和的说道：
“义继，你能认清形势，主动归降幕府，本将军甚感欣慰。你身为我的妹夫，又是三好家的嫡系，本将军决定任命你为北河内守护，镇守北河内，与畠山高政共同治理河内国。希望你能摒弃前嫌，忠心为幕府效力，不要再重蹈三好家覆辙。”
三好义继原本还担心自己会因出身三好家而受到排挤，如今得知被任命为北河内守护，心中的石头终于落地。他连忙躬身行礼：“多谢将军大人信任！定当忠心耿耿，镇守北河内，绝不敢有丝毫异心，好好为幕府贡献力量！”
将河内国一分为二，分别由畠山高政和三好义继担任守护，同样是足利义昭的制衡。畠山家与三好家素有旧怨，由他们分别镇守南北河内，既能相互牵制，又能借助畠山高政的力量监视三好义继，确保河内国不会出现割据，稳固京都的南方屏障。
除了摄津和河内，山城国作为京都所在，是幕府的核心统治区域，其重要性不言而喻。足利义昭经过深思熟虑，决定任命自己最为信任的幕臣山冈景友为山城守护。山冈景友是幕府老臣，跟随足利义昭多年，忠心耿耿，办事沉稳可靠。
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