会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶启和邓龙匡带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策逡战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。
12日晚，唐志森与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的中国守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入安全区。13日清晨，日军攻入南京城。
历史的惯性巨大，不是那么轻易可以改变的！东方霸之所以骂程功成是因为他早已经将情报和可能发生的事情都告诉了程功成，可程功成却没有发挥出任何作用！而先前他花费了无数精力、财力、人力、物力布置的计划成了泡影。从昨天开始，日军华中方面军司令部就已经纵容士兵屠杀普通老百姓和士兵，而这个时间将长达六周，这才是东方霸急火攻心的原因。
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