三年来，哈布日就在长春观的后花园里为父亲守孝，同时继续跟着师父习文练武，已渐渐出落成为了一名翩翩少年。丘处机则每日都会为成吉思汗诵经超度，消弭孽债，祈禳求福。
丘处机还时常择机开导古尔王妃，解释成吉思汗对中兴府内的几十万军民并没有像以往一样屠戮殆尽，或许王妃的父母双亲能够幸免于难；而且战争中杀戮时常在所难免，成吉思汗后期已渐渐有所悔悟，在给窝阔台的密函中也多次提醒杀戮应适可而止；同时还启发古尔王妃若天下一统后则可以停止各国间的战乱纷争、百姓最终生活安定的观念。
古尔王妃对丘处机的道理虽然不能完全认同，但此时成吉思汗已经以死谢罪，而且毕竟已一起生活了十几年，原本日日相见的一个大活人，且又是孩子的生身父亲就这样突然消失了，心中终会有所失落，怨恨也逐渐有所冲淡。
三年守孝期满后，古尔王妃领哈布日向丘处机辞行。丘处机拿出一个刻有成吉思汗像的双面金像、一枚和田玉制作的狼牙和一幅缂丝图交给母子二人，说道：“大汗生前屡次嘱托贫道，他日归天之后，定要将地宫中珍宝悉数赠与汝母子二人，此三件器物乃是开启宝藏之要具。” 可古尔王妃不以为然：“道长，此宝藏遍沾逝者鲜血，实乃不祥之物，我母子二人恐无福消受。”丘处机回道：“万事万物皆有两面，此宝藏虽沾有戾气，然价值巨大，若用于正途，或可造福于天下苍生。殿下暂可收下此三件器物，命哈布日及后代虔诚为大汗杀戮之罪虔诚忏悔、消弭孽债，此宝藏自然会善恶转化。他日若得将此宝藏造福于苍生，亦是为大汗积累阴德善功。”
听了此话，古尔王妃这才叫哈布日将三件器物收下。丘处机告诉王妃，自己定会作周密安排，确保他人无法开启宝藏。随后又为母子二人准备了一些金银细软，雇请了一架马车，三名婢女随行，古尔王妃和哈布日踏上了前往中兴府的路途。
王妃和哈布日离开以后，丘处机叫尹志平急传正在河中府永乐镇（今山西芮城境内）筹建纯阳观的弟子潘德冲前来面见。这潘德冲是曾跟随丘处机前往大雪山龙马会的十八弟子之一，行事心思缜密，加之勤奋耐劳，深得丘处机的信任。
但潘德冲并不知道师父尚在人世。十三年前，丘处机对外传言已经仙逝的时候，潘德冲正奉师父之命在中原各地传道，听闻恩师仙逝的消息，急急赶回长春观吊唁；却见师父已然安葬完毕，只得在祭拜完毕以后，又返回中原，按照师父的嘱托，继续尽心尽力宣扬全真教。
中原地区在潘德冲、宋德方等道长的大力宣扬下，全真教兴盛一时，教徒众多，丘处机在燕京长春观中听到消息，对潘德冲等人甚是欣赏。后来，丘处机吩咐尹志平指派潘德冲、宋德方等人前往道教祖师吕洞宾的故居所在地河中府永乐镇，将吕祖祠修缮扩建为纯阳观，也就是后来的大纯阳万寿宫，后人也称为永乐宫。
此时，潘德冲等人正在永乐镇商议改建方案，四处化缘集资，为纯阳观的建设做准备。突然接到长春观掌教急招，潘德冲不知是何故，火速赶回燕京，万万没想到竟然看到师父尚在人世，激动得痛哭不止。丘处机好言安慰，告诉潘德冲有大事要托付于他，潘德冲这才止住悲声。
丘处机将潘德冲带入地下密室之中，拿出一副三清祖师缂丝图和成吉思汗曾经赐予的虎符玺书一并交予了潘德冲，如此这般交代了一番；然后，将余下的七枚长生丹也全部交给潘德冲，并点拨了内丹修炼心法，最后命潘德冲仍旧返回永乐镇筹建纯阳观。潘德冲临行时痛哭失声，面对恩师长跪不起，此时已然知道这次真的是见恩师最后一面，三拜九叩以后才依依惜别而去。
潘德冲走后，丘处机写了一封密函交给尹志平，让他差信使将密函送给耶律楚材，随后又对宋道安和尹志平二人做了一番细致嘱托。
一切交代安排完毕之后，丘处机进入静修室闭关辟谷，不食水米，任何人不得打扰。七七四十九日之后的一个夜晚，在屋外守护的宋道安与尹志平听见有嗡嗡声响起，见丘处机静修室内发出绿色光芒，不久之后一切又恢复平静，二人知道师父此时定是已经羽化升仙了。
按照师父事先的吩咐，宋道安和尹志平进入静修室查看，见师父已气息全无，而遗蜕经过七七四十九日的辟谷，已经脱水干硬，似已练成不坏肉身。二人将师父遗蜕悄悄抬到重阳殿的地下室，放入那具事先备好的棺椁入殓；在棺椁内塞满了木炭和石灰包用于防潮，盖板再用黄泥密封；最后将棺椁推转正位，遮盖住了向下的洞口。而在重阳殿内入口被劈坏的那扇铁桦木门已经更换成了一扇黄花梨门，上面用石板覆盖，蒙上了毡毯，压上案桌，他人难以发现。
而后来，因为传说丘处机的遗蜕就安置在重阳殿内，于是全真教弟子将重阳殿改建为“丘祖殿”；直到清朝雍正年间，为遵朝廷旨意，回避孔子的孔“丘”名讳，又将“丘祖殿”改名为“邱祖殿”；也正是因为如此，作为全真教的总教所在之地，长春观内竟然独缺全真教创始人王重阳的供奉大殿，着实令后人费解。这些都是后事。
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