二来征讨桓玄对自己的北府军并没有多少好处。
三来他元日节特地赶往建康给领导司马元显拜年，但是没有事先预约，等了一天也没见到司马元显，直到司马德宗给司马元显举行饯行仪式上才见到他，司马元显自恃身份，对他代答不理。
这就给自尊心极强的刘牢之带来了极大的伤害。
现在朝廷除了桓玄就是他的徐州了，如果桓玄被灭，下一个不就是我了吗？
正在他焦头烂额，烦恼不已时，族舅何穆带着桓玄的亲笔书信来了。
信中桓玄拿着白起、韩信等不得善终的功臣做事例大谈鸟尽弓藏，兔死狗烹的道理。
直言道，你此番战败必死，战胜也下场不妙，唯一的出路就是改换门庭，投靠我桓玄门下，以后跟着我享不尽的荣华富贵……
这封信正好戳中了刘牢之的心事，简直是心有灵犀一点通。
这时，有军兵来报，荆州军已经对长江东岸的司马尚之部发起了总攻。
刘牢之沉默不语。
手下众将纷纷进言，此时应该集结兵力与司马尚之前后夹击荆州军，可获全胜。
刘牢之摇头不语，当军兵再次来报时，谯王司马尚之大败而逃。
刘牢之不顾手下众将反对和劝谏，对他们说，我怎能不知道这些！我今天消灭桓玄，易如反掌，但是，扫平桓玄之后，你让我如何对付骠骑大将军司马元显？
他最终决定投靠桓玄，派儿子刘敬宣前往姑熟桓玄营中请降。
三月初三，还在石头城外的朝廷水师战船上与众将士纸上谈兵，商讨抵御荆州军的司马元显，忽然接到探报，荆州军已经到了新亭（今江苏南京市雨花台区软件大道西）。
司马元显吓得魂飞魄散，赶忙下了战船，逃回建康城内。
在台城组织建康驻军防守，列阵于宣阳门外。
但平时司马元显对待军兵层层盘剥克扣，供给他们最低劣的饮食和被褥，不得军心，当听说荆州军前锋已抵达朱雀航，耳中听到震天高呼声，“缴械不杀，投降不杀！”
朝廷的军兵一哄而散，兵器丢得遍地都是。
十几年来司马道子谗佞专权，结党营私，祸乱朝纲，满眼望去大晋朝堂文臣武将尽是阿谀奉承，滥竽充数之辈，一看桓玄大军开进建康早跑的无影无踪。
光杆儿司令司马元显只好策马逃亡会稽王府，去找老爸司马道子去了。
正在酣睡中的司马道子被吓醒，揉着惺忪的双眼看着眼前惊慌失措的儿子，听闻建康被桓玄攻陷，大势已去，父子二人抱头痛哭。
桓玄在左右众将、幕僚陪同下，骑着高头大马进了建康。
先去了宫城，拜见了司马德宗，然后拟定了第一份诏书，内容是诛杀奸党乱臣。
相王司马道子罪名为“酗酒、不孝”等，由侍御史杜林押送，流放江州安成郡（今江西吉安市安福县）。
桓玄命人把司马元显绑于闹市，一条条历数他的罪责后，将他和他的长子司马彦璋以下所有六个儿子，连同谯王司马尚之，谋士张法顺，庾楷等人被判腰斩并弃市。
三月初四，桓玄恢复隆安这个年号。
皇帝司马德安下诏书，命令解除戒严。
然后再下诏任命桓玄统领文武百官，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，加授黄钺。
再任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、青二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
桓玄独揽朝内朝外军政大权，龙亢桓氏在桓温死后二十九年重新走上了东晋朝廷的巅峰。
三月初五，刘牢之心心念念的赏赐下来了，封征东将军、会稽内史，调离京口赴会稽上任。
他原本就是征西将军，江州刺史，前锋都督，现在桓玄竟然给他解除了军权，只是保留了将军封号。
这可是刘牢之万万没想到。
这一晴天霹雳把刘牢之打回了残酷的现实中，他懊悔不已。
王恭看不起他是因为他出身不好，司马元显看不起他是因为他粗鄙武夫，现在桓玄依旧是看不起他！
三人对他的真实态度只有两个字——利用。
而桓玄比王恭、司马元显更加阴险狡诈，十几天前还给自己许愿，信誓旦旦，一占领建康就变了脸。
这些皇亲国戚、高门士族拿他当枪使，东征西讨，打仗时对他好言安抚，不打仗时就弃之不用，这跟对待一条狗有什么两样？
儿子刘敬宣就向刘牢之建议，利用他还尚存的威望和影响力，召集将士进攻丞相府诛杀桓玄。
曾经在战场上勇猛无敌的刘牢之现在已经是雄心不再，犹豫再三，将北府兵从建康城中拉到了外围，新洲西南的班渎，以观望建康形势。
安顿好后，刘牢之单独找来最器重的建武将军刘裕（三年前孙无终把刘裕举荐到刘牢之的北府军参与剿灭天师道）。
这些年来刘裕披坚执锐，打仗冲锋在前，骁勇善战，富有智谋，多次打败人数十几倍的天师道叛军，把孙恩赶回海岛，立下赫赫战功。
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