经历了本部攻防战事件后，NERV日本本部损毁严重，原总司令碇源堂、技术开发部负责人赤木律子被认定KIA。
NERV日本本部解散，【NERV JAN】成立。
葛城美里接过指挥权担任司令代理，并在三年后正式晋升为总司令。
伊吹摩耶担任技术开发部技术局一课负责人。
除第一适格者绫波丽以外，又有三名绫波丽克隆体被投入使用，担任以量产机残骸改装而成的零号机试制II式改的驾驶员。
以及，名为‘星壳’加尔卡的牙买加男性加入NERV JAN成为编外战力·终极泛用人型决战兵器‘巨神殖装’（GIGANTIC XD）驾驶员。
三年间，星壳与主角方关系日益融洽，成为同生共死的战友和挚友。被星壳所救的二号机驾驶员明日香更是倾心于星壳。
在经历了一系列事件后，初号机逐渐觉醒进化，一步一步成为最终号机。
但具体如何取代原驾驶员碇真嗣得到EVA最终号机的所有权这件事，星壳没有对任何人讲起。
他只是说自己运用惊世智慧和无上勇气打动了主角方，最终拿到了这件神级命具。
但巫毒在接触星壳不久后就知道，仅凭星壳自己绝对做不到降服神级命具。
脑子不好使、概念力也不够强，甚至连人格镜面开发都不完整，这样的星壳怎么有资格降服命具尤其是神级命具？
他必然请了外援。
是瑞克？还是其他支柱？亦或是……
就在巫毒思绪飞转时，她身旁浮现出一朵旋转的火花，星壳声音从中传出：
“巫毒，如果你不想死，就给我拼尽全力战斗吧。
我要在这个冠位战争世界将海瑟和末劫龙全部解决掉！
而你，只要你全力协助我，我和瑞克就不会再计较你之前的小心思，还会帮你修复命具。”
听到这里，巫毒知道自己没有其他选择。
逃跑的话不但命具会直接损毁，她自己还极有可能被螺旋除名甚至追杀。
一想到会被那些恐怖的家伙不死不休地追击，本该掌管‘恐惧’的巫毒顿时陷入恐惧之中。
“请下令吧，Mr.星壳。我也是螺旋的一员，肯定会竭尽全力协助你。”
听到巫毒的表忠心，位于冲击中心的那尊巨神面部装甲微微扭曲，似乎露出微妙笑容。
既然已经用出了EVA最终号机，那么星壳就绝不会允许末劫龙和海瑟这两个螺旋大敌从眼前逃离。
尤其是海瑟……我不知道你是如何将玛拉和水银蛇的概念夺取并灌注到这两个家伙身上的，但你必须要为你的所作所为付出血的代价！
嗡！巨大的十字光斑以EVA最终号机为中心轰然炸开，这道十字光哪怕在宇宙中也能清晰看见。
只见十字光斑以极快频率爆闪数下并旋转90度，紧接着狂暴的光束炮从最终号机双眼位置轰射出来！
血色大地瞬间迸裂蒸发，连同天空乃至大气都在这一瞬间被光束炮燃烧殆尽。
光束炮刹那间划过海瑟和四魔主所在的位置，下一刻群星之间立刻爆开无数火光，那是星星们死亡时的最后之光。
哈维尔怒骂一声，刚要拼命燃烧宇宙结晶来尝试抵挡神级命具的恐怖攻击，一只手忽然从简笔画般的线条勾勒成型并抓住戴冠之角的龙角，向后用力一拉。
周围景色立刻倒转，哈维尔被重重甩到无数镜面组构而成的空间当中。
他抬头一看，发现这里正是四魔主建立起的领域。外界汹涌火光足以摧毁星系，却奈何不得这个领域的屏障。
肆虐的火光冲刷在透明的镜面屏障上，周遭不断发出咯吱咯吱的虚幻声响。
“甚至没有进入到终极概念体就已经拥有星系级的破坏力了……不愧是神级命具。”
银泪公主纤手抚摸着脸庞发出抑制不住的呻吟声：“人家光是看着就要按捺不住了呢……”
绿云之中，腐生大帝坐在血肉枯骨构成的王座上，手握权杖：
“目前还不知道海瑟有什么底牌，但光凭他那件新生的界级阵地型命具可不是最终号机的对手。
吾等也动手吧，如果有机会将他们两个一网打尽自然再好不过。”
“三个？”黄铜颅主肩上的千面魔鸟忽然没头没脑地问道。
黄铜颅主稍稍沉默，随即缓缓点头。
银泪公主发出一连串银铃般的笑声，整个人化作一道充斥着甜腻熏香的紫色风暴向着黄铜颅主卷去：“昔日在战锤世界你我水火不容，现在却要并肩战斗，这难道不够有趣吗？”
哼……黄铜颅主冷哼一声，随手抓住肩上的千面魔鸟一把捏碎，大量蓝色的墨汁从猩红铠甲指缝中喷出。
紧接着他自己也化作无数奔涌的血海，与蓝色和紫色交织在一起。
三色混杂在一起构成巨大漩涡，很快，一道新的身影从漩涡中缓缓直起身子。
代表恐虐的【血战疆界】、代表奸奇的【万变魔枢】、代表色孽的【极乐渊薮】此刻融合在一起，成为了新的阵地型命具——
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