看着这些供状，秦瀛也不禁叹道：“伯元，这次一举擒获这些贼盗，你可是立了大功了啊。不过我看这些贼人所犯罪行，只要坐实，首犯便只有凌迟一途。我臬司自然也要重新审理，可这给皇上的奏报，却要先准备上了。”涉及死刑必须上奏，这也是清代惯例，是以秦瀛有此一语。
“秦大人所言甚是，这些可以坐实的案情，我今日便即上奏。这些贼盗虽然嚣张，却并非浙江最大的祸患，之后要办的事，才是真正的大事啊。”阮元心中清楚，自己前来浙江，最重要的还是平定海盗、赔补亏空之事，所以对于其他剿捕之事，也想着早日结案，才能集中精力办理要事，也就听从了秦瀛的建议。看着剿捕之事已无异议，刘烒、秦瀛和延丰便也拜别了阮元。阮元也同孙星衍一道，将陈阿三一伙已坐实罪名一一上奏。很快，奏报便到了京城的嘉庆手中。
嘉庆看了阮元奏报，自是心中大喜，这日叫了三位军机大臣到养心殿来，一同讨论阮元奏疏。嘉庆说着陈阿三等人盗案之事，不禁喜道：“阮元这次在浙江所为，真是干净利落，办得好！短短一个月，乌鸦船盗匪、陈阿三匪帮相继落网，看来浙江 贼盗，也该销声匿迹了，该赏！若说美中不足之事，就是阮元毕竟初任巡抚，这罪刑议定，未免太过谨慎，只说够得上死罪，却不敢决断了。这陈阿三一伙首犯，依朕看来，个个都够得上凌迟！对此罪大恶极之人，又有何宽恕可言？便即传旨，依法在杭州处刑！”
庆桂看着阮元奏报，便即应道：“皇上明断，臣等自当遵旨。只是论功行赏之事，臣却觉得有些不妥，阮元到任方才一月，虽然有连擒两盗之功，可毕竟贼人人数不多，两股贼匪加起来还不到百人。若是皇上就这样赏赐下去，之后阮元若另有他功，便不好行赏了。臣以为，还是颁下玺书褒奖即可，还望皇上允准。”
“这……庆中堂所言，确也有道理。”嘉庆想想，这时便即加封阮元，确有操之过急之感，也就答应了他的建议，又道：“但这玺书褒奖，朕还是要办的，就拟旨吧。还有，阮元捕盗之事，朕也准备公示天下，阮元为何到任一月，便即连破大案？无非是准备充分，尽心办事了。可眼下天下各督抚，办事能务求周全者，能尽心为公者，又有几人啊？若是其他督抚州县都如阮元一般，哪里还有长新店遭劫之事？眼下贼盗丛生，已是事实，便无需粉饰太平，捕盗安民，才是当下要务！”
说着，嘉庆又取过一封奏疏，道：“此外，阮元却还有一道上疏，上面说浙江方面，最近多加查访，沿漕船工水手，大多薪酬不足，建议朝廷拟定数额，酌情增加工钱。这也是当务之急啊，若是船工水手都日益困顿下去，日后万一有不轨之人交结匪帮，可又要为祸民间了。董诰，最近你和朱珪也在筹办旗丁薪资之事，旗丁工钱可以涨一些，船工水手又有何不可呢？”
“皇上明鉴，若是旗丁水手薪资俱皆充足，他们自然会感念朝廷之恩，日后沿漕的种种舞弊之事，自然也可以有所改观了。”董诰道。
“可是皇上，眼下的情况，增加薪资，却是国用不足啊。”庆桂依然有些保守，道：“今年国库收入，尚不足两千万两，可川楚平乱，便已耗去三四千万有余，早已是入不敷出，这旗丁水手的工钱，虽说相比于朝廷岁入，乃是小数。但即便每人增银一两，沿河水手有近十万之数，也要多十万两的开支啊。这般开销，臣担心眼下的朝廷，已经承担不起了。”
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