迄今为止，具有耐药性的微生物通过动物性食品转移到人体内并对人体健康产生危害的问题尚未得到解决。
对磺胺类药物敏感的细菌在动物体内外均能产生耐药性，而且当其对一种磺胺药物产生耐药性后，对其他磺胺药物也会产生交叉耐药性(但耐磺胺的细菌对其他抗菌药物仍然敏感)。
由于耐药菌株的不断出现，人类不得不持续进行抗菌药物的更新换代。
在这场人与细菌的“赛跑”中，细菌总是处于“领先地位”，因为人们研制、开发新药物的速度远远赶不上细菌产生耐药性的速度。
所以，为防止病菌通过食物链危害人类健康，在疫病防控中应尽量少使用抗生素。所有抗菌药物应先用于人类，再用于伴侣动物，最后用于食用动物。
兽药残留对人类的另一危害是引起体内正常菌群失调。
在正常条件下，人体肠道内的菌群与人体相互适应，如某些菌群能抑制其他菌群的过度繁殖，某些菌群能合成B族维生素和维生素K以供机体使用。
药物残留(食品中长期或超量含有抗菌药物)会使这种平衡发生紊乱，导致一些有益菌死亡，使菌群的平衡失调，从而引起长期的腹泻或维生素缺乏等反应，对人体造成危害。
除以上影响外，兽药残留还具有致畸、致癌、致突变等作用。
另外，药物残留对环境也有影响。
药物进入动物机体后以原形或代谢产物形式随类、尿等排泄物排出。残留的药物在环境中仍具有活性，会对土壤微生物及昆虫等造成影响。
据报道，在用动物排泄物施肥的土壤中检查到了金霉素的残留。
我国在50年前杀蝗虫所使用的DDT，至今还残留在土壤内。兔子食用在这种土壤上生长的小麦，从其肉中可检出DDT。
近年来，人类的肿瘤发生率不断升高，人们怀疑与环境污染及动物食品药残有关。
雌激素、硝基呋喃类、砷制剂等都已证明有致癌、致畸、致突变作用。
当人们长期食用含有“三致”作用的食品时，这些残留物会对人体产生毒害作用。
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