腓特烈二世的母亲康斯坦丝皇后本是西西里公主，薄伽丘在《名女传》里记载了关于她的一个传说:有预言称她的婚姻将毁灭西西里，所以威廉一世强迫童年的她发誓永远守住处女之身，此后她就被关在修道院里当修女直到三十多岁，在中世纪的人看来她已经是个老太婆了，所以也就慢慢淡忘了这个不幸的预言，她还是在32岁的时候嫁给了年轻的亨利即后来的亨利六世。
康斯坦丝皇后在婚后一直没有孩子，直到40岁才令人吃惊地怀上了孩子，有些不怀好意的人宣称一个屠夫的儿子将被调换成皇子，这对靠血缘世袭的西西里王室而言是十分危险的流言。1194年12月26日皇后在赶往西西里(皇帝已经于圣诞节加冕成为西西里国王)的途中感到了分娩的阵痛，她在耶西的市集上搭起了帐篷，为了维护孩子正统的继承权力，她允许镇上的女公民观看皇后的分娩，并把赤裸的正滴着乳汁的胸脯给众人看。
腓特烈在与父亨利六世惟一一次见面--施洗中，被赋予FEDERICO RUGGERO的名称:意寓将继承祖父红胡子(FEDERICO I)和外公罗杰二世(RUGGERO)的名字以及他们的丰功伟绩，成为西西里与日尔曼两地之王。
腓特烈二世父母的婚姻使他自然成为西西里的继承人。而德意志的王冠他也在例行的"选举"中得到。亨利六世让诸侯在1196年12月选举年幼的腓特烈为德国国王，但同时皇帝企图实现的皇位世袭制度却因教廷的强烈反对而失败了。但当亨利六世患疟疾突然去世时(1197年9月28日)，腓特烈二世还是个孩子，皇帝的遗嘱(有可能是伪造的)为他规划了"理想的未来"。以帝国对教廷的让步保证腓特烈二世得到巨大的帝国。然而皇帝一死，托孤大臣安魏勒的马克就被康斯坦丝皇太后赶出了西西里。
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