有司得其罪状，实在无可回护，于是依律判处死刑。
武则天见其罪状，也自心惊，但念其为自己除灭政敌大功，犹欲法外开恩，予以赦免其死。故而请刑奏章送上三日，仍不批复。
内史王及善奏道：来俊臣凶残狡猾，贪婪暴虐，信用屠夫商贩宵小，诛杀名德君子。实乃是国家大恶，若不除却，必然动摇朝廷。
武则天虽以为然，但不能决。当游览宫廷园林时，吉顼牵马，太后问以宫外之事。
吉顼因恨来俊臣入骨，趁机答道：外边并无别事，众大臣只觉奇怪，处死来俊臣奏章，因何迟迟不批复也。
武则天道：来俊臣毕竟有功于国，我正思虑这件此事。
吉顼奏道：来俊臣聚集歹徒，诬陷良善，贪赃受贿堆积如山，被其冤死鬼魂满路，是国之剧贼，陛下有何怜惜！
武则天终于意决，遂下诏旨，命处来俊臣死刑。
万岁通天二年六月三日，来俊臣被斩于闹市，陈尸示众。当时观者如堵，老少衔恨，争相剐其肉以食，须臾肉尽。
武则天闻说此等盛况，方知民愤所积，委实不可小视，这才下诏明证其罪，复命诛其全家，并籍没家产。
来俊臣身死族灭，两京士庶男女无不欢欣鼓舞，人们在街上遇到，必相互庆贺道：今后安眠，肩背可贴枕席矣。
当来俊臣掌权之时，吏部每次铨选，因受其嘱托，皆有越级授官者，众达数百人。至此来俊臣垮台，吏部侍郎皆来自首。
武则天责之：你等何敢阿奉来俊臣，乱我吏治国法！
众侍郎奏道：臣乱国法，只加罪自身；但若违俊臣意旨，立即灭族。
女皇听罢暗自心惊，于是赦免侍郎之罪，又暗恨诛除来俊臣太迟，大碍自己政声。
只因来俊臣倒台，于是李昭德获释，免遭其害，并被升为内史。李昭德自谓谫除酷吏功臣，又复仗恃太后委遇，自长寿元年以来颇为专权使气，朝中文武疾之。
前鲁王府功曹参军丘愔看不过眼，乃上奏疏：陛下天授以前，万机独断。自长寿以来委任李昭德，参奉机密，献可替否；事有便利，不预咨谋，要待画日将行，方乃别生驳异。扬露专擅，显示于人，归美引愆，义不如此。臣观其胆，乃大于身，鼻息所冲，上拂云汉。常言道蚁穴坏堤，针芒泄气。权重一去，收之极难，惟陛下详之。
又有长上果毅邓注，着《石论》数千言，专述李昭德揽权之状；其后又有凤阁舍人逄弘敏，上疏劾奏。太后由是厌恶李昭德，先贬为南宾尉，寻又免死流放岭南。
时至深秋，忽有一日，武皇太后发现御园中梨花逆时开放，以示宰相，状甚得意。诸宰见之大奇，皆谓祥瑞之兆。
杜景俭奏道：今草木黄落，而此花更发，此谓阴阳不依其时，罪在执政，咎在臣等。
太后将花弃之，敛容赞道：真宰相也！
冬十月壬申，诏命以文昌右丞李元素为凤阁侍郎，右肃政中丞周允元检校凤阁侍郎，并同平章事。周允元二十岁考中进士，累迁御史中丞，至此放阁拜相，年已五十九岁矣。
周允元因联合司刑少卿皇甫文备上疏，弹劾豆卢钦望、韦巨源、杜景俭、苏味道、陆元方附会权相李昭德，未能匡正朝政。于是五位宰相都被罢职，贬为刺史。
据《朝野佥载》记述：凤阁侍郎周允元朝罢入阁，时逢太平公主唤医者自光政门入。医者忽见一鬼撮住周允元脑袋，二鬼持棒跟随其后，直出景运门而去。
御医大惊，便问公主：殿下适才可有所见？
太平公主：并无所见。你又见到甚么？
御医不敢隐瞒，便将眼见之事说予。太平公主大为惊讶，于是入宫时趁便奏之。武皇亦惊，令给使觇问，亦不能明言吉凶祸福。
这一日周允元在阁无事，食讫还房，午后如厕不出。长参典怪其时久，入内看时，只见宰相周允元踣面于厕桶之上，双目直视前方不语，口中垂涎落地，便似中风之状。
给使急忙上奏，武皇乃延御医诊治，问其病状如何。
此御医正是前番见鬼者，坚定奏道：缓者三日，急者一日，再无回天之力矣。
武皇似信不信，命与锦被覆之，并牀舁一并舆送周府，命其静养。然而止延挨至夜半三更，周允元便即病卒。
延载二年正月一日，则天太后加尊号为“慈氏越古金轮圣神皇帝”，诏赦天下，改元证圣。二月十六日，令去“慈氏越古”之号，仍称金轮圣神皇帝。
时遇岭南獠民又反，乃命容州都督张玄遇为桂、永等州经略大使，率兵前往讨之。
前因明堂既成，乃命僧怀义制作弥勒佛大像，其小指中犹容数十人，可见其大。因体态庞大不能容于明堂，遂复命于明堂之北构筑天堂以贮之。
天堂始建时便为大风所摧，更命重新构之，日役万人采木江岭，所费以万亿计，府藏为之耗竭。薛怀义既掌专督之权，使用府库钱财如同粪土，太后任而听之，更无所问。
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