桓振从之，乃为桓玄举哀发丧。
便在此时，何无忌与刘道规引北府兵至。桓谦出城迎敌，大败回城。桓振大怒，亲率兵出战，战于灵溪，何无忌败归浔阳。
刘敬宣在浔阳接应，进军夏口。
桓振遣部将冯该守住长江东岸，孟山图据住鲁山城，桓仙客守偃月垒，水陆相援。
刘敬宣与何无忌见桓振如此而排，于是商量已定，以分兵夜袭之计，将三处壁垒悉数攻拔，并生擒孟山图与桓仙客。
幸亏冯该见机跑得快，率残部走奔石头城去讫。
晋义熙元年正月，南阳太守鲁宗之奉刘裕之命，引本部兵来袭襄阳。
襄阳守将桓蔚大惧，弃城奔走江陵。
北府将领刘毅引军至马头，桓振恐不能守，遂挟晋安帝出屯江津，遣使来见刘毅，求割江、荆二州以降，愿送天子还于建康，刘毅不许。
适逢鲁宗之追击桓蔚至江陵，进屯纪南。桓振遂留桓谦与冯该守江陵，自引兵五千来战鲁宗之。刘毅趁桓振出战鲁宗之，趁机大破冯该于豫章口，桓谦闻知弃城而走。
刘毅遂大驱三军进入江陵，执卞范之等桓玄诸臣，尽行诛杀。
桓振大破鲁宗之，胜利凯旋，但知江陵城陷，其众皆溃，于是只得引残部逃于殒川。
刘毅既占江陵，终于解救出晋安帝，奉驾欲还建康。
晋帝诏命朝中大事皆委于刘毅处分，封为冠军将军，大赦改元，惟桓氏不赦。因桓冲靖忠王室有功，诏命特赦宥其孙桓胤，徙于新安。以鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，督梁、益等五州军事，弟毛瑾为梁、秦刺史，毛瑗为宁州刺史。
桓谦走投无路，降于秦帝姚兴。
二月，留台百官备法驾迎晋安帝于江陵。刘毅与刘道规二人屯兵于夏口，以防备诸桓复来，使何无忌保晋安帝东还。
晋安帝至于建康。百官诣阙待罪，晋帝皆令官复原职。
尚书殷仲文奉帝升殿，遂以琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太何，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。
复欲加刘裕录尚书事，刘裕固辞不受，而请归京口藩镇。
当初刘毅未得志之时，曾为刘敬宣部下参军，时人或以当世雄杰以许之。
刘敬宣道：此君外宽而内忌，自伐而矜人，若一旦得志，必当陵上取祸。
有人却将此言告知刘毅。此时刘毅既以救驾之功被封为冠军将军，犹且怀恨刘敬宣当初所说前言。又闻刘敬宣被封江州刺史，尤为忌恨。
乃使人进言于刘裕：刘敬宣未预复兴之谋，授予州郡已然为过，况使为江州之主乎！
刘敬宣亦闻其奏，由是甚不自安，便遣人来见刘裕，自请解职归田。刘裕不欲其与刘毅构隙，乃召还刘敬宣，使为宣城内史。
当时朝廷新定，风闻卢循欲为谋乱，刘裕未暇征讨，便与百官商议。朝中文武厌倦征战，皆赞成招安，于是朝廷诏命卢循为广州刺史，任其部将徐道覆为始兴相。
诏命下达，诸将皆劝卢循接受朝廷诏命。于是卢循贡献朝廷，且赠刘裕以益智粽。
刘裕见其所赠，笑谓诸将：其欲我益智，是笑我无能也。
于是使人回赠以续命汤，意谓嘲其命短。卢循却不知其中之意，犹疑不定。
卢循即受诏命为广州刺史，乃引兵南下，攻陷番禺，擒执原广州刺史吴隐之。卢循欲自用之，却接刘裕来书，令其将吴隐之解送还京。卢循览书，欲不听从。
长史王诞谏道：当初汉末三国之时，孙伯符岂不欲留华子鱼耶？因魏武帝曹操相召，不得不从，以一境不容二君故耳。
卢循闻而方悟，于是遣吴隐之还于建康，归见刘裕。
又说益州刺史毛璩，闻桓振攻陷江陵，率众三万顺流而下，欲亲往征讨。乃使其弟毛瑗兵出外水，参军谯纵兵出涪水。
副将侯晖有反叛之心，借口梁州人不愿东下，与巴西人阳昧勾结谋划，在五城水口率部哗变，并迫谯纵为盟主。
谯纵不肯听从，纵身投江。侯晖将其救起，再三请求，以兵器逼迫谯纵坐于车驾回军，在涪城袭击毛璩弟西夷校尉毛瑾，并杀之。
谯纵此时骑上虎背，难得下来，便自称梁、秦二州刺史。
毛璩到略城，听说军中叛乱，飞马回归成都，遣参军王琼率三千人征讨谯纵，又派弟王瑗率领四千兵合后继进。
谯纵派其弟谯明子及侯晖在广汉抵御，王琼打败侯晖，追到绵竹。
谯明子设两路伏兵以待，大败王琼军，益州官军死亡者十之八九。益州营户李腾打开城门迎谯纵之兵，杀毛璩及其弟毛瑷，屠灭全家。
毛璩死后，谯纵胆子便大了起来，于是自称成都王，建立西蜀政权，命从弟谯洪为益州刺史，弟谯明子为镇东将军、巴州刺史，率徒众五千人屯驻白帝城。
从此蜀中局势大乱，汉中空虚，氐王杨盛便趁机遣其兄子杨抚入驻南郑。
义熙元年春正月，广州刺史卢循使司马徐道覆寇略东阳，被建武将军刘裕击败。
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