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明代的土司制度贯穿始终，其间虽然也有过改土归流的举措，但大都是被动的。
比如永乐年间对黔东思州、思南田氏土司改土归流。这次成功的案例并非明廷主动为之。
原因是掌控思州的田氏长房与撑控思南的三房两家反目成仇。连续几代人相互残杀不止，黔东一直处于动乱之中，后来三房主动献土，明廷才乘机改土归流，并出兵灭掉思州田氏长房。
后来对播州杨氏土司、水东安氏土司改土归流，也是因为这些土司先发动了大规模叛乱，明廷平定叛乱后才顺势改土归流。
整个明代，对土司是比较优待的。中后期之后，由于明军战力低下，对土司军队也越来越倚重，经常得调用土司军队到中原来镇压叛乱，象石柱秦良玉，石屏的龙在田等，都曾长期进入中原为明廷作战。
象秦良玉那样深明大义的土司只是少数，大多数土司因为明廷的倚重，因而飞扬跋扈。明廷要靠他们平叛，无力管束，这些土司骄纵既久，越发桀骜不驯。进入中原平乱时，常常也趁机大肆抢掠，为祸不浅。
在他们的辖地周边，更是毫无忌惮，土司让土民四出抢掠，杀掳汉民，致使汉民不敢去耕作他们周边的土地，久而久之，这些土地便也变成他们的了。
有些则是汉人种下作物后，等到收成时，土司就纵土民来抢收，使劳作了一年的汉人颗粒无收。
官府调兵来，他们就遁入深山老林之中，这些地方穷僻，无法长期驻以大军，朝廷军队一走，他们又出来，劫掠如故。
总之，这种现在在明廷中后期的西南，已经是十分普遍，明廷忙于应付辽东，应付内地的叛乱，无力兼顾，西南土司的叛乱也越来越多。
只是改土归流有其特殊性，不是开十万大军过去，立即就能解决所有问题的。
因此顾君恩甚至建议让云南乱久一点，借此消耗各个土司的实力。
现在的云南之乱，实际上是各个土司之间的乱战，黔国公沐天波原有一点军队，沙定洲袭取昆明时，沐天波仅靠几个侍卫保护，匆匆逃出昆明，连母亲和妻子都来不及带走。
他那点军队已经被沙定洲吞得连渣也不剩，现在全靠龙在田等土司在对抗沙定洲，换句话也就是说，这是各个土司在相互消耗。
顾君恩的建议，让秦牧很心动，与其继续让各个土司分治云南，不如让他乱久一点，等他们消耗得差不多了，再一举平定，一劳永逸，从长远来说，这对云南百姓也是有好处的。
金磊也给秦牧献上了两策，他不疾不徐地说道：“秦王，除了各位大人所说的分化瓦解，各个击破之外，微臣以为，针对已经平定地方，还有两策可用。”
“说来听听，是哪两策？”
“启奏秦王，微臣的两策一为治土人，明末以来，各地土司骄纵不法，为祸甚烈，且土人往往畏威而不记恩。因此，针对已经平定的土司，就应施以严惩，对那些影响力稍大的头人，要全数诛杀，一来可以避免他们死灰复燃，二来用以震慑土人，让他们老老实实接受朝廷的安置。
二为收兵器，土人穷困而性暴，好勇斗狠，兵器随身携带，一言不合，立即拔刀相向，酿成血腥事件，这会使得汉人与土人之间仇恨加深，难以排解。这种长期对立心里常常是动乱的根源，因此，必须尽收土人兵器，并制定法令，严禁其携带兵器。”
“嗯，贡南言之有理，这两策确实是良策，非常有针对性。”秦牧频频点头，并直呼金磊的字，这是极其少见的。
象司马安等人作为大秦的国开元勋，才有机会让秦牧称先生。而称呼一个人的字，是一种亲近的体现，就连在坐的顾君恩和喻大猷，也不无羡慕之情。
经过一番商议，对西南各个土司，秦牧越发坚定了改土归流的决心，还是趁现在各个土司相互争斗，一举荡平他们，一劳永逸，以免后患无穷。
目前云南的情况是，以沙定洲为首的土司军队，大都是昆明以北的；而支持沐天波的石屏土司龙在田、宁州土司禄永命等，则多为昆明以南的。
这在云南隐隐形成了一种南北对抗的局面，双方胶着难下。
另一方面，表面上龙在田是在支持沐天波，但沐天波手上无兵无将，实际上他是受龙在田、禄永命所左右的，这些土司其实不过是利用黔国公在云南长期享有的威望，取得一个大义之名，想趁机坐大罢了。
当然，实际情况远比这复杂得多，整个云南，除了几处大的州府外，大部分地区还处在土司的统治之下。
而且还有外部势力插手，在云南以南有一个洞吾国（缅甸），对云南也早已窥视已久，五十年前洞吾王莽应里曾率兵进犯云南，被当时的云南守将刘綎、邓子龙率兵击退。
现在的洞吾国王叫他隆，他之前的一位洞吾王阿那毕隆刚刚光复了下洞吾的所有失地，并收复了被葡人占领的沙廉，把葡萄牙侵略者驱逐出洞吾，从而再次完成了洞衙的统一。
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