这时候祖大寿已冲出山海关北去，崇祯派人飞骑追去送信。追到军前，祖大寿军中喝令放箭，这时袁部将士怒不可遏，已把崇祯当敌人了。送信的人大叫：“我奉袁督师之命，送信来给祖总兵，不是朝廷的追兵。”祖大寿骑在马上，等他过来。使者递过信去。祖大寿读了信后，下马捧信大哭，一军都大哭。祖大寿对母亲很孝顺，他母亲又很勇敢，儿子行军打仗，八十多岁的老太太常常跟着部队。这时她劝儿子说：“本来以为督师已经死了，咱们才反出关来，谢天谢地，原来督师并没有死。你打几个胜仗，再去求皇上赦免督军，皇上就会答允。现今这样反了出去，只有加重督师的罪名。”祖大寿觉得母亲的话很对，当即回师入关，和清兵接战，收复了永平、遵化一带。也即是切断了清兵的两条重要退路BF。
如果这时崇祯立刻悔悟，放袁崇焕出来重行带兵，仍然大有击破清兵的机会。但崇祯只是一味急躁求战，下旨分设文武两经略。这又是事权不统一的大错误，大概他以为文武分权，总不能两个经略一起造反。文经略是兵部尚书梁廷栋，武经略是满桂。
清兵于十二月初一攻克良乡，得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。
申甫的所谓“车营”，是崇祯在惶急中所做的许多可笑事情之一。申甫本来是个和尚，异想天开的“发明”了许多新式武器，包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，自吹效力宏大。崇祯信以为真，立即升他为副总兵，发钱给他在北京城里招募了数千名市井流氓，成立新式武器的战车部队。大学士成基命去检阅新军，认为决不可用，崇祯不听。皇太极回师攻来时，这个战车部队出城交锋，一触即溃，木制大炮自行爆炸，和尚发明家阵亡。
满桂身经百战，深知应当持重，不可冒险求战，但皇帝催得急迫之至，若不出战，势必与袁崇焕一样，无可奈何之下，只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等集骑兵、步兵四万列阵。皇太极令部属冒穿明兵服装，拿了明军旗帜，黎明时分突然攻近。明军不分友敌，登时大乱，满桂、孙祖寿都战死，黑云龙、麻登云被擒。京师大震。
这时祖大寿、何可纲等得到袁崇焕狱中手书，又还兵来救。皇太极对袁部终是忌惮，感到后路所受到的威胁严重，于是并不进攻北京，写了两封议和的信，放在安定门和德胜门城门口，取道冷口而还辽东。
当清兵围城时，崇祯的张皇失措，不单表现在将袁崇焕下狱一事上，此外倒霉的大臣还有不少。他认为兵部尚书王洽处置不善，下狱。王洽相貌堂堂，魁梧威猛，当时是很出名的。崇祯用他做兵部尚书，就是看中了他的相貌，说他像个“门神”。当时北京人私下说，门神一年一换，这个王门神的兵部尚书一定做不长久。果然不到过年，门神就除下来了。围城时一切混乱，监狱中的囚犯乘机大举越狱，于是刑部尚书和侍郎下狱。崇祯又“发觉”北京的城墙不大坚固，似乎挡不住清兵猛攻，其实，那时城墙就算坚固之极，他也会觉得还不够坚固，于是将工部尚书和工部几名郎中一起在朝廷上各打八十棍再下狱。三个郎中两个年老、一个体弱，都在殿上当场活活打死了。至于那个蓟辽总督刘策，他负责的长城防线被清兵攻破，崇祯将他处死，更是不在话下。
当时各地来北京勤王的部队着实不少，本来由袁崇焕统一指挥，大可发挥威力。袁崇焕一下狱，各路兵马军心大乱，再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军都溃散回乡，成为“流寇”的骨干。“流寇”本来都是饥民，只会抢粮，不会打仗，这些溃兵一加入，有了军事上的领导，情形完全不同了。“流寇”真正成为明朝的威胁，就从那时开始。
①《明清史料》甲编，崇祯二年五月，袁崇焕奏：“今各边兵饷，历过未给二百余万。凡请饷之疏，俱未蒙温谕，而索饷兵哗，则重处任事之臣。一番共哗，一番发给，一番逮治。哗则饷，不哗则不得饷。去年之宁远，今年之遵化，谓哗不由饷乎？近各镇多以哗矣。哗不胜哗，诛不胜诛，外防虏讧，内防兵溃。如秦之大盗，哗兵为倡，可鉴也。”
②黄宗羲《明夷待访录·建都》：“北都之亡忽焉，其故何也？曰：亡之道不一，而建都失算，所以不可救也……有明都燕不过二百年，而英宗狩于土木，武宗困于阳和，景泰初京城受围，嘉靖二十八年受围，四十三年边人阑入。崇祯间京城岁岁戒严，上下精神毙于寇至，日以失天下为事，而礼乐政教犹足观乎？”
Ｃ．Ｐ．Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ：Ｃｈｉｎａ，ＡＳｈｏｒｔＣｕｌｔｕｒａｌＨｉｓｔｏｒｙ（中国文化简史）：“首都的地位，是明朝主要的弱点之一，是它覆亡的主要原因。”该书对明朝建都北京的不利有详细分析，见Ｐ．463－464。③ＡｒｎｏｌｄＴｏｙｎｂｅｅ：ＡＳｔｕｄｙｏｆＨｉｓｔｏｒｙ（历史研究）的引论中说：“一个比较文明的社会与一个比较落后的社会之间的疆界，如果不再推移，疆界不会就此平衡稳定，时间过去，发展会倾向于对比较落后的社会有利。”
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