但令人意外的是，尽管平安仍旧忠于建文帝，朱棣却没有对他痛下杀手。恰恰相反，平安还得到朱棣的重用，先被任命为老巢北平的都指挥使，又升任行后府都督佥事。
就当所有人都以为平安逃过一劫，将得以善终时，厄运却突然砸到他的头上。
永乐七年（1409年）三月，朱棣巡幸北平，翻阅奏章时见到平安的名字。事前几乎没有任何征兆，朱棣突然动了杀心，问左右：平保儿尚在耶？
平保儿就是平安，平安明明还活得好好的，朱棣却突发此问，平安得知后，当即意识到问题的严重性，便自杀了。
朱棣终究还是猜忌平安！
我们无从得知为何朱棣一开始不杀平安，而且予以重任，却偏偏在七年之后杀他，但是，随着朱棣想迁都北平，以北平为国门抵御蒙古，北平的地理位置越来越重要，决定不能交给任何可疑之人，朱棣确实有杀平安的动机与理由。
值得一提的是，朱棣虽然逼死平安，却并没有牵连平安的家人，反而“命以指挥使禄给其子”。平安当初之所以识趣地自杀，而不是举兵反叛，或等候朱棣亲自动手，恐怕也是为了保全家人。经过三年多的战斗，朱棣赢得了京南战役的胜利，征服了南京，登上了皇帝的宝座。尽管建文皇帝下落不明，但朝鲜仍有许多支持者忠于他，甚至献出生命。朱棣用什么方法来对付拥护皇帝的忠臣？
京南之战虽然是朱明皇室内部的斗争，但深受儒家思想影响的士大夫们却认为，炎王朱棣得罪显然是“叛国”。即使朱棣攻占南京，仍有大批忠于建文皇帝的人，拒绝欢迎朱棣，拒绝承认朱棣的王位。朱棣不愧为朱元璋之子。他用非常血腥的手段杀死了这些人！
最忠臣、最差臣，包括太学方孝如、太学黄子诚、齐泰、铁轩、连子宁、太学高官毛大芳、周瑜、景卿、卓京、郭仁、吕京、陈棣、礼部大臣黄奎、黄帝关、鲍照、侯台等。
本文只列举了一些高级官员，还有很多中下级官员。朱棣入主南京后，在他成为国王之前就发出了一号通缉令，然后逮捕了那些不与他见面的大臣，因为不与他见面就意味着不承认他的地位。他们都被朱棣处死了，而且处死的方式非常残忍。
朱棣觉得自己无法摆脱愤怒。他杀害了其中9人，包括不屈的方小如，甚至他的学生。朱棣处死这些人时非常残忍。例如，在景青被杀之前，他的牙齿被打落，然后被剥皮。方晓茹生前也是“断舌碎骨”。
虽然他不如方小如出名，但他的死也很悲惨。铁璇带着朱棣前前后后，背对着朱棣，不肯见他。楚棣很生气，就吩咐人把铁璇的耳鼻割下来，放进嘴里。他问：“这是甜的吗？”铁璇虽然是个学者，但他很勤奋。他大声喊道：“忠臣孝子的肉怎么了？”之后，朱棣命令人们将铁璇处死，并将骨头扔进油锅。
同时，他们的家人也受到牵连并被杀害。据记载，由于方小如“坐在873号死者身上，他被流放到驻军阻止死者获胜”。方小茹的弟弟方小佑遇害前，方小茹看着弟弟留下眼泪。方小佑写了一首诗，“为什么我哥哥要流泪，要伸张正义，才能成仁。几千年来，华表的头一直是一只鹤，旅行者的灵魂仍然在山上。”
清朝刺杀朱棣的企图更加激怒了永乐皇帝。他下令把齐齐人送到家乡去。也就是说，连景清的村民也被杀，最后出现了“以村换废墟”的局面。同时，朱棣还采取“钓鱼执法”的方式，对收缴方小如等人尸体的所有官员进行逮捕和处决。
虽然这些人死得很惨，但他们至少被人理解了，他们的妻子和女儿的境况更糟。大臣们的妻子和女儿们都因被投入总理府（官方女支院）而遭受折磨。大臣曾对朱棣说：“齐泰的姐姐和黄子诚姐姐的两个侄女和四个女人。”。日日夜夜，二十个人守候，年轻人怀孕，除夕夜生了一只小乌龟，还有一个三岁的女儿
朱棣回答说：“小的长成大的，这就是钱树。另外，有些妇女被配给成奴隶，比如家仆郭仁的三个女儿。”。当时湘奴的社会地位最低，属于奴隶民族。很多人没有名字。朱棣文这样做，显然是为了羞辱和折磨忠臣的家人。翁的妻子和礼仪大臣黄冠的两个女儿也嫁给了项努。他们受到羞辱，选择自杀。建文四年（1402年）六月，朱棣率领燕军，攻到京师南京。此时，驻守南京的谷王朱橞与草包将军李景隆，不但不坚守城池，反而打开金川门投降朱棣，朱棣不费劲就进入了南京。
这时，建文帝朱允炆的皇宫中突然火起，一片火海，等大火被扑灭之后，只在灰烬中找到几具烧焦的尸体，已经分不清面目，而建文帝朱允炆则不知所终。
有人说朱允炆被大火烧死，有人说建文帝从地道逃走，出家为僧了。
朱棣进入南京，宣布即皇帝之位，然后，开始大肆屠杀建文帝的忠臣，效忠建文帝的忠臣，死得非常惨，被灭族，受牵连者，数以万计。
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