与此同时，朝廷里也开始了激烈的争峰和辩论。所激烈讨论的话题无非就是如何应对燕王府送来的质子，以兵部尚书齐泰为首得务实派，强烈建议一直把燕王朱棣的三个儿子一直就这么扣压下去，以作为朝廷对燕王府的绝对重要手段和筹码，并以此来牵住和控制对方，不得不说，这个策略不说有多么高明，至少是相对而言比较靠谱的。，张丹青如是的心里想着，但凡高高坐在龙椅上的见皇帝朱允炆此时此刻肯听齐泰的建议的话，想来日后也不会沦落到国灭身死的悲凉下场。这位在位仅四年，被叔叔朱棣篡权成功的失败帝君，在历史上却得评价甚高，朱元璋的遗诏里说他“明仁孝友”，可称是仁德之君。清历史学家徐元文也曾说他“若无篡逆之乱，必修德安民，开一代盛世也”。普遍的观点认为，如果当初朱棣接受了朱允炆登基的现实，安心做一个藩王，朱允炆也必将成为一个堪比历代仁君的好皇帝。而观其一生的“善举”，事实也似乎如此，从建文元年(1399年)开始，朱允炆即大刀阔斧，对朱元璋时代的诸多制度进行更化改革，史称“建文新政”。
新政的主题恰如其年号“建文”一样，与前代的“洪武”相对，施行重文臣，兴儒学的“仁政”。
即位第一个月即下令全国复查“冤案”，对洪武时代的几次大案重新核查，力求“从宽”，赦免无辜者数万人。许多被朱元璋流放边关的文臣也得以提拔，甚至入主中央。
进而修订《大明律》，删掉其中诸多苛刻刑法，中央到地方的各级官署更进行“机构精简”，户部和刑部下属的各类司级机关从12个缩减到4个，但有些部门则进行“机构扩充”，如翰林院和国子监。
官职级别也发生变化，六部尚书的品级从二品提高到一品，皇帝身边则形成了齐泰，黄子澄，方孝孺三人组成的“参议”，即后来明“内阁”的雏形。
赋税政策也大做调整，改变了洪武时代对江南地区的苛刻重税，改为轻徭薄赋。
甚至曾一度在方孝孺的建议下改革国家土地制度，恢复西周时代的“井田制”。
上述种种“善政”，六百年来史不绝书。
有些政策固然理想化甚至不切实际，但诸如“内阁”等制度，文臣治国的理念，实际上也被后世皇帝接纳并延续下来。历代史家对其评价甚高，由此不足为怪。
既是“善政”，又为何招致战乱呢?
这就是靖难之役的“导火索”——削藩。
二、削藩
台湾历史学家李敖曾在一篇文章里如此讽刺建文帝的削藩政策：朱允炆的削藩，正像北宋军队打仗，开始的时候捷报频传，斩获连连，却突然一个挫折，接着就是昏招连连，连战连败，最后败到一发不可收拾。说“削藩”，这是朱允炆在做“皇太孙”的时候就有的一块心病，毕竟深知自己年纪幼小，诸藩王“叔叔”皆手握重兵，自然如鲠在喉。黄子澄曾宽慰他说：“汉景帝在位时，诸王也多不法，酿成七国之乱，可汉景帝派兵平定，立刻都土崩瓦解”。此言让朱允炆稍稍心安，后来朱允炆也曾请教朱元璋，朱元璋反问他该怎么办，朱允炆思来想去答道：先用德争取，再用礼规范，再不行就改封地，还不行就削藩，如果都不行，只能兵戈相向。朱元璋很满意，赞道：“甚好，甚好。”而观朱允炆削藩，论开头，也可为“好的开端”。早在洪武三十一年闰五月朱元璋撒手人寰后，即颁布“遗诏”，各地藩王所属的文臣武士，除藩王的亲身“护卫”外，皆由中央节制。初步掌控了各藩镇的“军政大权”，继而朱允文与其老师齐泰，黄子澄密谋，采纳黄子澄“断燕王朱棣手足”的建议，先将河南周王与山西代王以“贪横暴虐罪”逮捕，继而周王被发配云南。
众文臣窥得风向，纷纷见风使舵，上书力陈大规模“削藩”。“顺应民意”下，建文帝再接再厉，洪武三十一年五月，珉王被召入京“切责”，湘王不堪忍受屈辱，愤然自焚。
齐王被废为庶人，关入大狱，数月之间连出重手，将当年向朱元璋陈述的“五步走”连贯动作一气呵成，直闹得诸藩国人心惶惶。
噩耗连连，“主要对手”朱棣也紧张，加紧招兵买马准备战争，并与北边的鞑靼部落订立盟约。
建文帝也毫不落后，先策反了燕王府官员葛诚，成为自己耳目，继而以防备蒙古为名，派亲信将领张芮驻北平北面的开平，遣谢贵为北平指挥使，接掌北平军权，里里外外对朱棣形成夹击之势。
建文元年三月，朱棣入京朝见，有大臣建议建文帝借故将朱棣捉拿，未被允准，继而建文帝派宋忠率精兵三万驻开平，五月，朱棣派两个儿子朱高炽，朱高煦入京朝见，又有大臣“旧话从提”，要建文帝扣押两皇子以挟持朱棣，再被拒绝。
最终放虎归山，归家后，为掩人耳目，朱棣开始“装疯”，成日疯疯癫癫，做病入膏肓状。
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