阿敏见大势已去，连夜逃出，东还沈阳。
然而，辽东将士的浴血奋战并不能救袁崇焕一命。最终，朱由检定下袁崇焕十二条大罪，其中最大的一条罪是通虏谋叛。
朱由检的原话是，“袁崇焕通虏谋叛，罪不容诛。尔廷臣习为蒙蔽，未见指摘，今后有朋比行私、欺君罔上者，三尺具在。”
也就是说，皇太极入侵，就是袁崇焕勾结引入的。你们这些廷臣为他蒙蔽，“未见指摘”。
幸好，崇祯大帝目光如炬，一眼就看出袁崇焕这个“汉奸”和努尔哈赤、皇太极父子勾结已久。
至此，己巳之变落下帷幕。
皇太极的政治水平远高其父，但其军事指挥水平不怎么样。
这一次入侵，其实是一次很冒险的行动。
最危险的时候就是广渠门、南海子、左安门三战被袁崇焕连败的时候。
这时候的大金部队士气低迷，而陆续赶来的各地勤王兵马已初步形成包围圈。
如果皇太极再败一次，士气就崩了，再想全身而退可就难了。
而就在这时，朱由检急召袁崇焕、祖大寿入京城。接下来袁崇焕入狱，祖大寿远遁。
缓过劲来的皇太极马上回头，捶死满桂。
其余勤王兵马战战兢兢，皆不敢上，直到祖大寿返回。
所以说，关键时刻还得有人帮你一把。从某个角度来说，朱由检无疑是皇太极的贵人。
袁崇焕下狱后，负责巡关的御史方大任上疏劝崇祯，声称：“各路援兵止有袁崇焕一旅可恃。”
内阁四名大学士也力劝朱由检。大学士成基命叩头为袁崇焕求情，劝道：“敌在城下，非他时比。”其他大学士也劝，“临敌换将，兵家所忌”。
但朱由检叹道，“势已至此，不得不然”。
请注意朱由检此时的用词，是“势已至此”，不是“罪大当诛”。罪名是后来才慢慢加的。
的确，袁崇焕一入狱，前来勤王的关宁铁骑马上就弃皇帝而去，也坐实了朱由检的猜测。
这支劲旅听袁崇焕的，但不听我朱由检的啊。此时不杀袁崇焕，何日杀？
在袁崇焕下狱后，朱由检开始的诏书中，袁崇焕的罪名主要有两条，“不先行侦防”和“坐视淫掠”。叛国大罪是后来研究出来的。
“朕以东事付袁崇焕，乃胡骑狂逞。崇焕身任督师，不先行侦防，致深入内地，虽兼程赴援，又钳制将士，坐视淫掠，功罪难掩，暂解任听勘。”
朱由检为什么在取得优势局面的情况下，急招袁崇焕回来呢。因为，他怕袁崇焕一旦入了山海关，再缉拿他就不好办了。
袁崇焕的叛国大罪有没有人证和物证？有的，一名被俘虏的杨太监，在皇太极的军营中，亲耳听到大金高级将领高鸿中、鲍承先的谈话。
这盘谈话明确交代了皇太极和袁崇焕有密约，大事可成。
“今日撤兵，乃上计也。意袁巡抚有密约，此事可立就矣。”
也就是说，皇太极那是佯败，是和袁崇焕约定好的，以骗朱由检。
由于大金部队“管理不严”，第二天，这名智勇两全的杨太监“幸运”地从敌营逃了回来，向崇祯告发了皇太极和袁崇焕密谋叛乱之事。
“杨太监以高鸿中、鲍承先之言，详告崇祯帝。遂执袁都堂，磔之。”
《玉堂荟记》记载，“己巳之变，当时士马物力足以相当，袁崇焕初至一战，人心甫定。而袁于大珰少所结好，毁言日至”。
这是人证，有物证吗？有物证。江西道御史曹永祚捉获了刘文瑞等七名辽民，声称袁崇焕通敌，有书信为凭。
不过，提审当天，这七名辽民却不翼而飞。虽然七名辽民神奇地消失了，但留下的通敌卖国书信可都在。
后来，锦衣卫经过严密调查，又找到一名山西木匠。这名山西来的木匠也指证辽东的袁崇焕通敌谋叛，就是袁崇焕勾结皇太极，引敌入侵京城。
“先是，巡捕营获一木工，云崇焕谋反，以为谍事下镇抚司。”
而且，如果站在京都城头上远看，皇太极和袁崇焕的部队几乎是同时到达京城的。如果不是袁崇焕带路，皇太极怎么认得路来京城？
人证物证具在，锦衣卫再次在零口供下，成功破了这宗叛国大案，就像当初侦破蓝玉一案一样严谨。
只是有一处疑惑，既然皇太极已经和袁崇焕密谋叛国，为何要绕道蒙古，走蓟镇这条路？
这条路太难走了。皇太极的大军十月初二从盛京出发，直到二十七日才抵达蓟镇边境，足足用了25天，且路途艰险。而袁崇焕仅用2天便从宁远入山海关。
“因木田垒霍洛岭险峻，汗与诸贝勒越岭而驻，大军及疲惫人马，连夜越岭。”
既然皇太极已经和袁崇焕约好了，就应该走山海关这条道，又快、又省军粮，还能把重型大炮运到京城下轰城。莫非皇太极就是喜欢挑远路走。
最后，袁崇焕被凌迟处死，割三千多刀，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。
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