第二天，李肃率领十几个骑兵来到郿坞。有人报告皇帝有诏前来，董卓叫他进去。李肃走进去拜见董卓，董卓问他：“皇帝有什么诏书？”李肃回答：“皇帝的身体病情已经好转，想在未央殿召集文武百官，商议将禅位让给太师的事情，所以才有这份诏书。”董卓问：“王允的态度怎么样？”李肃说：“王司徒已经命人筑了受禅台，只等您到来。”董卓听了非常高兴，说：“我昨晚做了一个梦，梦见有一条龙护住了我，今天果然收到这个好消息。现在是时机成熟，不能错过！”于是，他命令心腹大将李傕、郭汜、张济、樊稠四人率领飞熊军三千人守卫郿坞，他自己则驾车回京。他对李肃说：“我当了皇帝，你就当我的执金吾。”李肃拜谢并称臣。董卓去向他的母亲告别。他的母亲已经九十多岁了，问他：“我的儿子要去哪里？”董卓回答：“我要去接受汉朝的禅位，母亲您早晚会成为太后！”母亲说：“最近我身体颤抖，心里也很不安，恐怕不是好兆头。”董卓说：“您将成为国母，怎么可能会有不祥之兆呢！”于是，他辞别母亲离开了。在临行前，他对貂蝉说：“我要当皇帝，将来会封你为贵妃。”貂蝉早已知道是王允的计谋，便假装高兴地拜谢了他。
董卓出郿坞上了车，前面有人驾车，后面有人跟随，朝着长安方向前去。只行了不到三十里，所坐的车突然折断了一个轮子，董卓就下车骑马。又走了不到十里，那匹马突然嘶叫着挣断了缰绳。董卓问李肃：“车折了轮子，马断了缰绳，这是什么征兆？”李肃回答道：“这是太师将要接受禅位，抛弃旧制创立新制，将会坐上玉辇，踏着金鞍的征兆。”董卓听了很高兴，并且相信了他的话。第二天，他们仍在行进途中，狂风骤起，浓雾笼罩天空。董卓问李肃：“这又是什么吉兆？”李肃回答道：“一位君主登上龙位的时候，必会出现红光紫雾，以彰显天威。”董卓又高兴起来，没有怀疑。到了城外，百官都出来迎接。只有李儒因病无法前来。董卓进入相府，吕布前来祝贺。董卓说：“我已经登上九五之位，而你应当担任全国军马总督。”吕布感激地向他鞠躬致谢，随后在帐篷前歇宿。当晚，郊外有十几个小孩子唱歌，歌声随风飘入帐篷。歌曲这样唱道：“千千里草，何青青！十日卜，不得生！”歌声悲伤而凄凉。董卓问李肃：“这个童谣意味着什么吉凶？”李肃回答：“只是关于刘氏灭亡、董氏兴起的预言。”
第二天清晨，董卓准备完了入朝仪式后，突然看到一位穿着青袍白巾，手拿长竿的道士，身上缠着一丈长的布，上面两边各写着“口”字。董卓问李肃：“这个人是什么意思？”李肃回答：“他是有心理问题的人。”然后董卓让士兵把他赶走。接着董卓进入朝廷，群臣们都穿着朝服，在两旁迎接。李肃手执宝剑扶车而行。到了北掖门，士兵都挡在门外，只有二十多辆御车可以进入。董卓远远看到王允等人都按着宝剑站在殿门口，惊讶地问李肃：“他们为什么都拿着剑呢？”李肃没有回答，直接推着车进入。王允大声喊道：“反贼到了，武士们在哪里？”两旁转出一百多人，拿着戟和长矛刺向董卓。董卓身穿甲胄，没有被刺入，但手臂部受了伤，掉下车来，大声叫道：“我的儿子奉先在哪？”吕布从车后站出来，厉声喊道：“有天子诏书讨伐叛贼！”一戟直接刺入董卓的喉咙，李肃早已砍掉了他的头。吕布左手持戟，右手从怀中拿出诏书，大声喊道：“奉命讨伐叛贼董卓，其他人不问！”将士们纷纷高呼万岁。后人有诗叹息董卓：“霸业成时为帝王，不成且作富家郎。谁知天意无私曲，郿坞方成已灭亡。”
当下吕布大喊：“那些帮助董卓作恶的人，都是李儒！有谁能捉拿他？” 李肃应声说愿意前去捉拿。突然听到朝门外有人喊叫，传来消息说李儒的家仆已经绑缚将李儒带来献上。王允下令将李儒送到市集处斩首，并将董卓的尸体放在四通八达的大路上，并命令守卫用火把放在董卓的脐中作为灯，脂油流的满地都是。路过的百姓一个个都用手掷他的头，踩他的尸体。王允又命令吕布、皇甫嵩、李肃带领五万兵马，到郿坞抄掠董卓的家产和人口。
这时李傕、郭汜、张济、樊稠听说董卓已经死了，吕布即将到来，便率领飞熊军连夜奔向凉州。吕布到了郿坞，首先夺取了貂蝉。皇甫嵩下令释放坞中藏有的良家子女，但是董卓的亲属，不分老幼，全部被杀。董卓的母亲也被杀。董卓的弟弟董旻和侄子董璜都被斩首示众。他们搜刮了郿坞中的物品，其中有数十万黄金、数百万白银、绸缎、珠宝、器皿、以及无数的粮食。他们回到王允那里报告了。王允为此大肆宴请军士，设宴于都堂，并召集了各官员，举杯庆祝。
正在宴会上，忽然有人报告说：“董卓的尸体暴露在市场上，有一个人趴在他的尸体上哭的很是伤心。”王允大怒：“董卓是个十恶不赦的反贼，所有的人都为他的死欢呼，这个人是谁，竟然敢哭？”他随即叫来武士：“把他抓来！”很快地抓到了。所有的官员都感到震惊：原来那个人不是别人，而是侍中蔡邕，王允叱责他：“董卓是反贼，今天被诛杀，对国家来说是一件大幸事。你是汉朝的臣子，为何不为国庆而反而为反贼哭泣？”蔡邕承认了自己的罪：“我虽然不才，但也知道什么是大义，怎么会背弃了国家而哭泣呢？只是因为一时感激之情，不知不觉地哭了一下，自知罪过深重。愿您能原谅我：如果我在死前能够补足汉室的史书，那也算是赎回了我的罪行，也算是我的幸运。”所有的官员都惋惜邕的才华，都力图为他辩护。太傅马日磾也私下跟王允说：“伯喈是个稀有的才子，如果让他续写汉朝的史书，那真是一件盛事。而且他的孝行一直很出名，如果现在就杀了他，恐怕会失去人心。”王允说：“以前汉武帝没有杀司马迁，后来让他写史书，结果谤书流传后世。现在国运已经衰微，朝政错乱，不可让那些奸臣在幼主身边拿笔，对我们进行诽谤。”马日磾无话可说，不过私下跟官员说：“王允是不会有后代了！好人就是国家的纪律，制度就是国家的法典。灭纪律废法典，又怎么能长久呢？”于是王允没有听从马日磾的话，下令将蔡邕下到牢里，缢死了他。当时的士大夫听到这个消息，都感到伤心流泪。后来人们评价蔡邕为董卓哭泣的举动固然不恰当，但是王允杀了他也过分。有人用诗来叹息这件事：“董卓专权肆不仁，侍中何自竟亡身？当时诸葛隆中卧，安肯轻身事乱臣。”
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