在龙凤劫中，魔祖罗睺创立了魔道，暗中崛起，同时鸿钧道人也是慢慢强大起来。罗睺在龙、凤、麒麟三族中间挑拨离间，嫁祸害人，搞得三族大战，斗得三族无比衰弱，罗睺便渔翁得利，率领魔族追杀神兽族。后来罗睺被鸿钧道人带领妖族、散修们打败，并身亡其中。龙凤劫到此结束。而鸿钧道人就是在这个时期内融合三尸，成就首位圣人之境。上文介绍诛仙剑时也有提及这时期的事情。这里的“三尸”其实是洪荒神话里的说法，一般代表“善念、恶念、执念”，或者“痴、贪、嗔”，哪怕是很厉害的仙神佛，都没能斩却三尸，也就是没能超脱它们的影响。三尸可有化身，比如《佛本是道》里描述孙悟空拥有“悟空道人”、“斗战胜佛”、“齐天大圣”等化身，他已斩了后两个化身，却始终斩不掉“悟空”之身；而只有斩却了三尸，方能成就混元道果，成为圣人。
“巫妖劫”：指的是巫族和妖族之间的斗争。“龙凤劫”结束后，三大神兽种族自愿镇守天地，成为了瑞兽，而巫族和妖族就成为了天地之间的主角。巫族的领袖乃十二祖巫，分别是：帝江、句芒、蓐收、祝融、共工、玄冥、后土、强良、烛九阴、天吴、翕兹、奢比尸（详见下图：来源于360百科）。他们个个天生就是肉身强横，能操纵大自然之力量，可惜元神弱小，无法成圣。而祖巫之下的大巫（包括大凤、刑天、夸父、后羿、蚩尤、相柳等）连元神都没有，同样也无法证得道果。但当他们全都聚在一起使用十二都天神魔大阵时，可凝聚出盘古真身的力量，强大无比，圣人之下几乎没有谁能与之匹敌。
祖巫们非常好战，最着名的就是水神共工和火神祝融之间的战斗（莫非是象征了“水火不容”？）。共工和祝融在不周山大战，异常激烈，共工还怒触不周山，撞断了天柱，导致天塌地陷，天火降临，天河倒灌，幸好女娲于危难之际用五彩石进行补天。女娲功德无量，在巫妖大战这段时期内成为了圣人。女娲虽为妖族，但身为圣人，地位超然，不可违逆天道，故不可插手巫妖之战。
妖族那边的领袖乃东皇太一（执掌先天至宝混沌钟，又叫东皇钟）以及帝俊，他们创立了远古天庭，两者被尊为当时的天帝。妖族除了两位天帝，还有众多的妖神，凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。东皇太一有十个儿子，即十大金乌，乃天庭太子。本来十大金乌是负责轮流在天空巡视的，但后来触犯了天条，十个“太阳”一起出游，弄得洪荒大地生灵涂炭。但毕竟是太子，天庭对他们处罚较轻，引起了大巫夸父的不满，于是想要追杀金乌，这就是着名的“夸父逐日”。可惜夸父被十大金乌围攻而惨死。大巫后羿知道此事后大怒，拿着由盘古筋骨化成的神弓，射杀了九只金乌，最后一只金乌被东皇太一救走。幸存的这只金乌就是后来的陆压道人，其武器乃着名的“斩仙飞刀”，还会“钉头七箭书”这种奇术，在封神大战中大放光彩；封神劫后据说他加入佛教成为了“大日如来光明佛”，并且据说《西游记》中神秘的“乌巢禅师”也是他。话说回来，大巫后羿随之也被妖族报复而杀死。自此，巫妖大战正式拉开帷幕。
此时，共工、祝融两位祖巫已死，只剩十大祖巫，根本无法凭借十二都天神魔大阵凝聚出盘古真身，只能和妖族斗得旗鼓相当。经过这次大战，巫妖双方两败俱伤，最终妖族两位天帝以及各祖巫均惨烈陨落，妖师鲲鹏祖师拿着河图、洛书溜之大吉。巫妖两族势力迅速衰弱，被迫退出历史舞台，而此时女娲造出的人族已经开始兴旺起来。此时，继女娲之后，三清、接引、准提都已经成为了圣人，各圣人开始开派立教，其中老子、元始和通天分别创立了“人教”、“阐教”、“截教”，三教乃“盘古正宗”，也叫“玄门”，统称“道教”；而接引、准提创立西方佛教，也叫“释教”。这一切为人族成为永恒的天地主角奠定了基础。而女娲的妖族却是没落下去了。
巫妖大战后，由于妖族天帝已经陨落，天庭无主，三清推举鸿钧道人身边的童子昊天担任天帝（即大家熟悉的玉皇大帝），童女瑶池担任王母娘娘。这时候人间仍有大巫部落存在，人族的炎帝神农氏和轩辕黄帝之间也进行过斗争，大巫刑天据说是加入到炎帝部落。刑天在战斗中被轩辕黄帝斩下头颅后，竟然以两乳为目，以肚脐作口，操持干戚舞动着，当然最终还是被消灭了。通过“阪泉之战”，黄帝打败了炎帝，炎帝归顺黄帝，形成了炎黄部落联盟。而大巫蚩尤则带领部落与炎黄部落进行战斗。轩辕黄帝乃十二金仙之一的广成子的弟子，在广成子的帮助下，加上昊天大帝派九天玄女赠来天书，联合炎帝部落，在“逐鹿之战”中打败了蚩尤部落，并杀死了大巫蚩尤，轩辕黄帝被尊为“人皇”。值得一提的是，传说中的“三皇五帝”也是这个时期的人物，但具体指哪几个，众说纷纭，难以统一，本人比较信奉的说法是：“三皇”指燧人氏（钻木取火者）、伏羲氏（乃女娲的兄长，人类的文化始祖，发明了八卦，并教人渔猎）、炎帝神农氏（尝百草者）；“五帝”指轩辕黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜。不管是哪种说法，这些人均是那个时期的杰出领袖。巫族残余势力以大巫九凤为首，主张人巫和谐相处，不料九凤被颛顼暗算，受重伤后逃进洪荒星空，炼化出三颗太古星辰（七杀、破军、贪狼），寻找机会杀回人间复仇。但不管如何，自此巫妖两族基本销声匿迹，人族大兴。
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