因献策有功，他被任命为华中方面军副参谋长。
武藤章就任新职后，又提出立即进攻南京的建议。
1937年12月1日，日本大本营采纳了他的建议后下达进攻南京的命令。
发现真相
中国第二历史档案馆在整理档案时发现：南京大屠杀发生后，国民政府即公开进行了强烈谴责，并于1937年12月至1938年3月间分别派人赴美国纽约、英国伦敦及日本东京，全方位开展了揭露日军南京大屠杀真相的行动。
其中，1938年初春秘密派遣人员赴日揭露南京大屠杀真相，是二次大战中绝无仅有的在敌国首都宣传的范例。
国际宣传处派遣到上海等地的秘密工作人员，在1938年年初，“转辗觅得”了日军自行拍摄的记录其南京大屠杀等暴行的照片多套，送往武汉总部。
1938年3月，秘密组织、派遣四位国际友人赴日本东京等地，用各种宣传形式，向在东京的各国有关人士与日本有关人士揭露日军南京大屠杀暴行的真相。
按照国际宣传处的策划与安排，三名日籍基督徒分别携带由英、美等外籍侨民与记者所撰写的关于日军南京大屠杀暴行的新闻报道、文章、信件、日记等材料，以及多套日军自行拍摄的记录其南京大屠杀暴行的照片；莫瑞尔·莱斯特小姐则携带从美国传教士费奇那儿借得的、由马吉牧师秘密拍摄的记录日军南京大屠杀暴行的电影纪录片《南京暴行纪实》的一套拷贝。
国际友人从上海出发，到日本东京后，分别在各国驻日使领馆人员与外国记者中，在日本的一些政党、社团、工商、宗教等各界人士中，散发上述的日、英文字宣传品与照片，放映上述的记录电影，并进行口头宣讲。
根据战后日本一家半官方的电视台的搜寻，当时曾经看过由马吉拍摄的电影纪录片的日本人只有七个人。
不久，莫瑞尔·莱斯特被劝告立即停止放映这部纪录片。
国际宣传处将这些日军官兵自拍的恐怖杀人的多幅照片，作为日军南京大屠杀暴行的铁证，翻拍传播，与文字记录相互印证，刊载到于1938年7月出版的田伯烈英文着作《战争意味什么：日军在华暴行》的中译本《外人目睹中之日军暴行》一书中。
1938年6月中旬，国际宣传处的翻译工作完成，中文译本定名为《外人目睹中之日军暴行》。
国际宣传处特地邀请担任军委会政治部第三厅厅长的着名文化人士郭沫若为中译本作序。
为了向全世界有效地揭露日军侵华暴行，包括南京大屠杀暴行，“国际问题研究委员会”组织着名的专家徐淑希先后编写出三本揭露日军侵华暴行的英文论着：《日本人的战争行为》、《日本人战争行为要论》与《南京安全区档案》。
1938年7月，中国国民政府军委会政治部编辑出版的《日寇暴行实录》画册，就有多张由日军自拍的照片，作为南京大屠杀的罪证公布。
申报世遗
2014年2月，南京市下发通知明确“南京大屠杀史档案”申报世界记忆遗产，申遗工作由市申遗工作办公室总负责，由市档案局和侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆牵头。
同时，南京市档案馆首次向媒体公开了一批珍贵档案，这批档案形成于1937年至1947年，共183卷，详细记载了侵华日军在南京制造大屠杀惨案的罪恶事实和日军侵占南京期间犯下的大量罪行。
183卷档案分为大屠杀暴行、掩埋尸体、市民呈文、南京安全区国际委员会、设立慰安所等方面，都是民国南京市政府留下来的。
大部分为原始件，为“孤本”、“珍本”，不仅具有独特性，而且具有稀有性。
2014年6月12日，联合国教科文组织确认已经收到了中国将日本强征慰安妇和南京大屠杀档案列入世界记忆名录(“世界记忆”计划)的申请。
2015年10月4号到6号，联合国教科文组织世界记忆工程咨询委员会在阿布扎比召开会议，审议南京大屠杀申遗。
此次申遗提交的南京大屠杀档案资料还包括，中国第二历史档案馆珍藏的“南京审判日本战犯军事法庭京字第一号证据”的16幅日军暴行的照片；“金陵女子文理学院舍监程瑞芳女士记载南京大屠杀事件的日记”，以及侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆珍藏的南京国际安全区委员、美国牧师约翰·马吉拍摄的有关南京大屠杀实景的原始胶片及摄影机。
联合国教科文组织在官方网站上公布了2015年最新入选“世界记忆名录”的项目名单。
在总共47个入选项目中，中国申报的南京大屠杀档案榜上有名，但另一份慰安妇档案遗憾落选。
据联合国教科文组织官方网站显示，中国提交的南京大屠杀档案共分三部分，分别包括1937年至1938年，日本侵略军占领南京期间大肆杀戮中国军民和平民的档案；1945年至1947年，对日本战犯调查和审判的档案；以及1952年至1956年，中华人民共和国司法机构提供的文件。
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