在他们的有意退却下，元军极其顺利地渡过了富良江，并占领了大罗城。
在大罗城，为了祭奠阵亡于第一次战役的唆都与李恒二人，脱欢竟下令焚烧了安南国内所有的寺庙，并且挖开了安南国王室的祖坟，屠杀全城百姓。
玩归玩，闹归闹，别拿祖坟开玩笑！
脱欢此举实在有些过分了。此时的陈日烜已经率军逃到了海上，在得知了这个消息后目呲欲裂，心里迸发了想要回陆地上与元军决一死战的想法。
但理智告诉他，跟举世无双的蒙古战士死磕，是缺心眼的行为！
所以，他决定另辟蹊径，依然从后勤方面入手。
至元二十五年（1288年）初，陈日烜率军从海上袭击张文虎部的运粮船，由于安南军人数太多，元军不能抵挡，为了让粮食不落入敌军的手中，张文虎无奈之下只好命令大军将船凿沉，沉米于海，而后自己退回琼州。
在失去了粮食来源之后，陆地上的元军顿时便陷入了恐慌之中，为了稳定军心，脱欢下令大军四处出击，抢劫百姓口粮以供军用，但陈日烜早就防着他这一手，在出海抢粮之前就下令安南全境坚壁清野，不给元军留下一粒粮食。
没有粮食吃，抵抗力自然就下降，所以元军在断粮之后又有大批的士兵们陷入了疾病的困扰之中。
陈日烜在探听到这个消息后，认为反攻的时机到了，于是便遣使前往元军大营假意投降，实则是为了麻痹脱欢，给自己调兵遣将留出足够的时间。
脱欢还以为安南人终于扛不住了，十分高兴的款待了来使，并听信了他们的鬼话，在原地等待着陈日烜前来投降。
可悲的是，还没等陈日烜来到大营，战败的消息先到了。
为了不被安南军再次断绝后路，同时也考虑到安南境内江河众多，水系发达，所以脱欢在出发时布置的三路大军中，特意设置了一支水路军。
可谁曾想，就在他坐在大营做白日梦的时候，陈日烜已经集结了大批的安南军于白藤江将这支水师全部歼灭。
当脱欢意识到情况不妙的时候，为时已晚了。
经过这么长时间的征调，陈日烜已经在元军北撤的必经之路——女儿关、丘急岭一带集结了三十万大军，彻底阻断了元军的退路。
可他却忘了，人的求生欲望的极其可怕的，在明知道面前是三十万等着要自己命的人堵路之时，脱欢所率的元军爆发了强大的战斗力，顽强的求生欲推动着他们与敌军血战。
经过了连日的殊死拼杀，三十万人布置的密集防线竟然真的被元军突破，脱欢率领一部分残军逃出生天。
不过脱欢虽然未死，但脚上却中了一毒箭，索性救治及时，未曾让毒液扩散，勉强捡了一条命，只是从今以后变成了一个跛子。
当再次战败的消息传回大都之后，忽必烈气的抽出腰刀，将面前所能见到的所有东西都砍了一遍。
而后，愤怒的忽必烈对脱欢这个大傻叉十分失望，又下了一道旨意，责令脱欢徙镇扬州，终身不得入觐。
不过令忽必烈聊有安慰的是，在两次战胜了元军之后，陈日烜也意识到，如果自己再不投降的话，恐怕下一次忽必烈都有可能亲自带兵来了，再加上由于多年连续征战，国内已经民不聊生，百姓的日子过的十分贫苦，国已经没有了国的样子。
所以他便遣使入朝，向忽必烈递交了降书，同时将所有的俘虏尽皆归还，并用金子铸造了一座金人，代替自己前往大都赎罪。
至此，安南的故事便暂时告一段落。
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