虽然元军在正面战场上取得了极大的优势，但日军却也不甘心任人宰割。
在不断接到己方城池陷落的消息后，北条时宗也知道事情不妙了，于是便急忙从全国各大名中抽调了十余万人马前往九州岛，准备借助那里崎岖的地形来挡住蒙古人前进的脚步。
不得不说，自古以来，倭人的战斗意识和战斗精神一直都要比高丽人强上许多。在面对着悍勇无比的元军时，深藏于倭人内心深处的凶残也被激发了出来，他们抱着宁可自损一千，也要杀敌八百的态度，与东征元军展开了激烈的白刃战。
在日军这种不要命的打法之下，哪怕元军的战斗力再强，武器装备再领先，也遭受了不小的损失。
与此同时，由于日军的拼死抵抗，再加上元军本就不太擅长山地作战，所以经过了多日苦战后，元军依然未能存进一步，这也让他们在出发前制定的“以战养战”计划彻底破灭，大军不得不开始消耗随船携带的物资补给。
十一月二十六日，由于后勤补给的不足，元军主帅忻都下令最后再发起一次全面总攻，如果能够突破日军的防御线就继续打下去，如果不能突破，则准备撤回海上，补给之后再行征讨。
不过忻都没考虑到的是，人一旦有了退路，往往就会失了锐气，但凡碰到了一点挫折就会萌生退缩的想法。
果然，在这最后一次的进攻中，东征元军不仅没能突破日军的阵地，反而连副帅刘复亨都身受箭伤，不得不退回了船上进行休整。
看见元军撤退，岸上的倭人也松了一口气，连日来的苦战让他们的损失极为巨大，很多队伍都是成建制地倒在了元军的箭雨之下，他们也接近于强弩之末。
此时的元日双方，算是各有苦衷，都暂时没有了继续交战的想法，甚至一些日军将领还提出要与元军讲和。
可正当他们将这个提议摆到桌面上来商量的时候，老天爷突然发威了。
就在东征元军撤退到船上进行休整的当夜，一股猛烈的台风突然袭来，竟将东征军的战船刮翻了二百多艘。
忻都无奈，只好率领剩下的人马匆忙撤回朝鲜，第一次征日战争就此宣告失败。
面对着突然起来的胜利，所有的倭人都感到不可思议，纷纷以为是乞求天神庇佑起到了效果，于是便将这股台风奉为“神风”，后来在二战时期，日本有名的“神风突击队”就是因此缘故才起的这个名，目的就是希望能够再次得到“神风”的庇护。
在第一次征讨日本失败后，忽必烈仔细听取了战报，最终得出了‘只是时运不济’的结论，但同时也意识到，水战确实是元军的短板，于是便下定决心先训练一支强大的水师后再发兵征讨。
但此时对于南宋的作战已经到了最关键的时刻，忽必烈遂将这个念头暂且搁置，准备先将陆地上的事情解决。
而就在元军撤退之后，日本人也没闲着，他们清醒的认识到元军此次作战失利跟自己没啥太大关系，完全是因为不熟悉地形，再加上老天爷帮了忙，所以才能保住一条狗命。
他们认为，元军在进行短暂休整过后，肯定会再次袭来，于是便趁着元军撤退的这段时间抓紧时间进行战备训练，不仅积极组织武士们学习元军的战略战术，同时还征调了数十万民夫，在元军有可能登陆的地方建造了无数的碉堡和防御设施。
但他们没想到的是，这一等，就等了整整七年。
至元十八年（1281年），在平定了南宋和西北之乱后，忽必烈终于能够腾出手来对付这些让他十分讨厌的倭人了。
为了一举拿下这个岛国，忽必烈做了充足的准备。
他先是命令忻都和洪茶丘二人率领四万蒙、汉、高丽联军，编为东路军，乘坐战船九百艘，从朝鲜出发，经由对马海峡进攻壹歧岛；而后又任命范文虎为帅，阿塔海、李庭为副帅，率领十万汉军，编为江南军，乘坐战船三千五百艘自庆元（今浙江宁波）、定海（今浙江舟山）出发，目的地是平户岛。
这两个岛屿都位于今天的日本长崎县，忽必烈给他们两支队伍定下的要求是在六月份在这里汇合，然后一同进攻日本本土。
但由于元军舰队的供应和人员登载问题出了纰漏，所以在约定出发的时间未能启航，高丽军马于是便先行出发，作为先锋进攻对马岛，谁知却在对马岛被日本胖揍了一顿，十分狼狈的逃了回来。
忻都闻讯勃然大怒，将统军的高丽将领金方庆一顿臭骂，而后亲自带领东路军进攻壹歧岛，并以火炮击杀了日军大将少贰资能，不过东路军的损失也十分巨大，在攻克了壹歧岛后，不得不进行了短暂的休整。
（这个少贰资能，就是前文中挡住了元军进攻的藤原经资的父亲）可由于跟范文虎的江南军约定是在六月份汇合，所以忻都不敢耽搁太长时间，在进行了短暂休整之后，便带着东路军继续进攻，先攻克志贺岛，再进至宗像洋，而后在九州岛的多处进行登陆，希望能赶在江南军到来之前开辟出一块登陆场。
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