介于血缘关系和有人背锅的双重缘故，蒙哥并没有处理失烈门等诸王，而是派人将海迷失后与失烈门的母亲合达合赤抓了起来，经过严格审讯之后，以密谋给蒙哥施展巫术的罪责（“厌禳”罪）将二人投入河中淹死。
但蒙哥想了想，觉得留着失烈门依然是个不确定因素，毕竟自己杀了他妈还抢了他的汗位，指不定哪天这哥们就搞出点事情来，于是将他关押到了忽必烈的大营中，没多久便给他安了一个“明知道他妈给蒙哥施展巫术，他却没有阻拦而且知情不报”的罪责，将他杀掉了；至于贵由的那几个窝囊废儿子，就算给他们再多的人也形不成威胁，蒙哥便饶了他们一命。
顺道提一嘴，为了给拔都出气，将西征时与贵由一同辱骂过他的不里赐死，他的死告诉我们一个道理，嘴贱是没有好下场的。
而后，蒙哥又下令重新分配窝阔台系诸王（主要是窝阔台的几个儿子）的部众与封地，只有一直没有掺和到中间的阔端免除在外；其中合丹被封在了别失八里（今新疆吉木萨尔）；灭里被封在了也儿的失河（今新疆额尔齐斯河畔）；而合失早逝，他儿子海都被封为窝阔台汗国的可汗，封地在海押立（今哈萨克斯坦科帕尔城）。
一旦拥有了权力之后，就没有任何人愿意再失去。
表面上来看，窝阔台汗国依然还是一个国家，所有人都归属海都管理，但论辈分海都却是灭里、合丹等人的侄子，而且没有什么拿得出手的战功，合丹等人自然不服他；况且合丹等人虽然在名义上属于窝阔台汗国的封臣，但却在蒙哥的安排下实实在在的拥有了属于自己的地盘，虽然小了点，可好歹是自己说了算，他们自然不愿意再臣服于海都之下，反而拒绝纳贡，窝阔台汗国就此埋下了分裂的种子。
蒙哥此举可谓是堂堂正正的阳谋，而且效果出人意料的好。
在解决完外部与内部的宗亲后，蒙哥又将目光转向了朝中，作为三朝老臣的镇海这次成为了他的目标。
此时的镇海已经八十多岁了，虽然人还处于帝国的权力中心，但他的决断已经影响不了国家大事了，因为他的年龄实在是太大了，可蒙哥依然没打算放过他。
斩草要除根这个道理，蒙哥非常清楚，因为他就是窝阔台斩草时没除的那个根，为了杜绝一切隐患的发生，清洗窝阔台系的人就成了必然，而镇海就是窝阔台一系在朝中的代表人物。
公元1252年，已经84岁的镇海，被指控为“失烈门诸王叛乱案”的同谋，依《大扎撒》之律处死，同时被处死的还有那个在第一次库里台大会上代表乃马真后发言的使者八剌，除此之外，被牵连的还有三百多名官员勋贵，其中窝阔台系与察合台系的人占了绝大多数。
一时间，作为帝国都城的和林城内血流成河，而此案也被称为“蒙古开国第一案”。
说实在的，镇海死的很冤，但政治之中没有对错，只有利益。
除了镇海之外，耶律楚材的儿子耶律铸也因担任失烈门的侍从而被牵连，本来蒙哥下令将他一同处死，但幸亏有忽必烈的搭救，才得以幸免于难。
做完这一切后，蒙哥终于放下了手中的屠刀，开始奖励那些拥戴他上位的人。
拔都自然不必说，身为一国国王，权势已经达到极点，也没有更大的官封给他了，只是赏点金银财宝就够了。
受益最大的是他的三个亲弟弟，其中忽必烈被蒙哥命为漠南汉地军政事务总领，负责整个中原的军国大事；旭烈兀负责西域军政事务，并让他筹集兵马准备再次西征；最小的弟弟阿里不哥则镇守都城和林，主领草原诸部的事务。
而后，蒙哥又任命忙哥撒儿为扎鲁忽赤（大断事官），孛鲁合暂时负责宣发号令、朝觐纳贡与处理内外大事，又派晃兀儿留守都城和林，主要是看守皇宫和内库，阿兰答儿辅助他；其余诸多位置也都安排了自己的亲信，那个因为寻找丢失的骆驼而发现了失烈门等人阴谋的训鹰人克薛杰，则被封为了“达剌罕”，从此不再承担任何赋税，地位高于普通的大臣。
但一个国家的政务何其之多，尤其是像蒙古帝国这种版图巨大的国家，更是每天都有数不尽的事情要决断。
为此，蒙哥于即位的第二年又重新对朝廷内部进行了整顿。
他将孛鲁合升为中书右丞相，同时将国库、贸易、祭祀医巫、传驿、外交等部门的官员都换成自己信得过的人；又将牙老瓦赤、斡鲁不、不只儿等官员派往燕京（北京），主管汉地的政务工作；麻速忽则被派往别失八里，负责西域的政务；阿儿浑依然负责波斯一带。
除此之外，蒙哥又在内部展开了新一轮的大清洗运动，他将诸王滥发的牌印、诏书等尽皆收回，任命的官员全部罢免；并传旨各路官员及宗亲，没有朝廷法令不得私自发布命令，不得擅自收税；派出的使臣不允许私自进入村庄或者城镇，最多不得征召超过14名徭役人员，而且不允许他们取用超过自身定量的粮草。
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