可当他返回中书省官衙之后，才发现奥都剌合蛮已经将这里搞得乌烟瘴气，他趁着耶律楚材不在的这段时间肆意妄为，发出的法令往往自相矛盾，整个朝堂内到处被他安插了亲信，增设的高额赋税让百姓们本就不富裕的生活更是雪上加霜。
耶律楚材不甘心偌大的蒙古帝国就这么毁于此等奸臣手中，于是便多次上书弹劾奥都剌合蛮，可却被乃马真后当作耳旁风，不仅没有将他的奏折当回事，反而还交给奥都剌合蛮来处理，奥都剌合蛮自然要落井下石，多次公然偕同他的党羽挤兑耶律楚材。
这让耶律楚材大为光火，却又无可奈何，郁郁之下再次病倒，于是便上书请求回家休养，乃马真后巴不得把他支开，但又顾及朝中其余官员的看法，便命他带病处理政务，不得随意请假，耶律楚材无奈，只好继续工作。
但乃马真后的地位也并不是很稳固，她一心想为自己的儿子贵由铺出一条通天大道，于是便在称制的这几年拼命拉拢拖雷一系的人，希望能获得他们的支持，但忽必烈却劝他母亲索鲁禾帖尼不要直接答应她的请求，反而以长子蒙哥随贵由出征未归，家中无人主事为由，一直在拖延时间。
其实乃马真后急切想要得到拖雷一系的支持，并不仅仅是因为他们手中掌握着强大的兵力，更重要的是窝阔台遗留下的历史问题。
因为在拖雷死后，窝阔台为了更好地掌控拖雷一系的政治资源，便将拖雷的长子蒙哥收为了养子，可这就出现了一个问题，按照蒙古传统，养子也是有继承权的。
如果窝阔台在世时明确下旨立了太子自然没有问题，但现在窝阔台暴毙，失烈门又被乃马真后以年幼为名剥夺了继承权，所以贵由和蒙哥就都变成了下一任可汗的有力竞争者。
不过乃马真后也没在一棵树上吊死，虽然拖雷一系的人在帝国内部有很重的话语权，但拖雷一系的人一直不给出明确的答复，乃马真后又将目光瞄向了其余的宗室诸王，她派出得力的手下，以高官重利来贿赂他们，同时允许他们在全国境内派驻使者，还允许他们自由发出法令，向各地摊派赋税，而条件就是要在召开库里台大会时支持贵由上位。
在如此丰厚的利益驱使下，很多蒙古宗亲都开始为她效力，也确实在短时间内让乃马真后的权力与威望得到了极大的增强，但代价却是全国境内的乌烟瘴气。
据记载：“诸王及各部又遣使于燕京迤南诸郡，征求财货、弓矢、鞍辔之物；或于西域回鹘索取珠玑，或于海东楼取鹰鹘，驲骑络绎，昼夜不绝，民力益困。”
但也不是所有的人都愿意服从乃马真后的指挥，身为亲王的帖木格就是其中一个。
1243年五月，帖木格趁着汗位未决，贵由、蒙哥等有权力继承汗位之人未曾归来之际，亲自率军朝汗廷的方向浩浩荡荡地杀来。
一时之间，朝野震动，乃马真后虽然拉拢了许多贵族，但他们在面对着帖木格之时，却不愿意为她出头。
乃马真后无奈，只好下令动员本部的所有兵马齐聚汗廷，并让奥都剌合蛮提前派心腹去西侧的草原选址，准备西迁以避帖木格的锋芒。
这个消息传到了耶律楚材耳朵里后，耶律楚材大惊，拖着沉重的病体紧急进宫，请求乃马真后慎重考虑，因为一旦迁都将是震撼朝野的大事，不一定会惹出什么乱子，自己甘愿为使，前去帖木格的营中请他罢兵回营。
乃马真后坐在主位之上，在她的左侧是法玛提，右侧是奥都剌合蛮，三个人听见耶律楚材的话，用看傻子一样的眼神盯着他。耶律楚材重重地咳嗽了几声，满眼希冀地望着他们，希望能从他们的口中得到一个肯定的答案。
可现实终究让他失望了，乃马真后不仅没同意他的意见，反而将他“请”出了朝堂，让他不要再管这些事。
耶律楚材仰天长叹，却又无能为力，怀着满腔的愤恨回到了自己的家中。
不过就在乃马真后准备西迁的时候，事情突然发生了转机。
磨蹭了好几年都没返回草原的贵由此时竟然回来了，他率领着本部大军已经抵达了他在也密立的斡尔朵（今新疆额敏县）。
当这个消息传到了帖木格的耳中时，他知道自己想要称汗的目的彻底流产了，于是急忙后撤，率军回到了自己的封地。
乃马真后这回彻底安下心来，开始更加积极地拉拢诸多宗亲，请求他们一定要支持贵由登基，同时向全国发布要召开库里台大会的消息，请镇守各地的诸王们都回到汗廷参会，但因为疆域实在是过于广袤，使者传讯和诸王返回都要耽搁许多时间，于是便定于两年之后正式召开。
但有一个人却支撑不到新汗登基了，这个人就是耶律楚材。
几十年来的呕心沥血没有打倒他，但却被乃马真后一行人在短短的几年时间搞得筋疲力尽。
在一次又一次病倒之后，耶律楚材的身体终于彻底垮掉了，于1244年五月十四日抱恨而死，终年55岁。
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