在这之后，他又设立了中书省，任命耶律楚材为第一任中书令，投降过来的金国贵族粘合重山为左丞相，克烈部旧臣镇海为右丞相。
这三人中，粘合重山就是个打酱油的，选他当左丞相，就是为了向还没投降的金国诸人表明，我们会善待你们，不信你看！你们投降过来的人都能当丞相了。但粘合重山的日常工作主要就是给耶律楚材打下手。
真正权力大的那个人，是镇海。
镇海，畏吾儿人，原名沙吾提，中原名为镇海，俗姓田。
他早先经商于漠北，寄居在克烈部，所以也被称为克烈人。
当年铁木真为王汗所败，沦落到班朱尼湖喝浑水的时候，陪伴他的就有此人。
而且此人还追随铁木真征讨乃蛮、金国，又跟随哲别灭了屈出律，还接待过长春真人丘处机，并沿途护送至撒马尔罕，忠诚度上绝对杠杠的。
也正因为如此，窝阔天虽然愿意听从耶律楚材的建议，但往往还要再征询一下镇海的意见，发到汉人地区的命令，由耶律楚材盖完印后还必须加盖上镇海的印记才有效；但发往西域的命令，镇海自己单独盖印即可。
这一举动也证明，窝阔台虽然有用外人之心，但却也暗中提防着他们，在后来平定河南之后，窝阔台下令将赋税由50万两加到110万两，镇海的一名亲信叫做安天合，介绍了一名回鹘商人奥都剌合蛮“扑买”了课税，并增加到220万两，耶律楚材极力劝谏，声泪俱下地请求窝阔台收回这个命令，但窝阔台十分不满，反问道：“你要打架么？”
眼见着耶律楚材痛哭不止，他又怒问道：“你难道要站在这里为百姓而哭么？”耶律楚材无奈，知道事情已经不可挽回，只能叹然回家。
这里说一下“扑买”这个制度，好多人可能没听过，这个制度是始自宋朝时期的一种包税制度，当时宋朝在酒、醋、渡口、墟市等方面征税之前，会先由官府派人统计一下大概税额，然后以这个税额为标底开始拍卖，出价最高者便可承包这项税费的征收。
拍卖的整个过程也十分讲究，前期当标底的价格出来之后，官府会派人在闹市区张贴告示，写清楚这些要拍卖的是哪些事项，底价多少，每次加价多少，公示期多久，感兴趣的人如何投标等等。
在竞拍人员上，也有严格的要求，吃官家饭的（包含差役、文书等不入品之人）与提供不了抵押物和担保人的，都不准参与拍卖。
在这之后，官府会派专门的木匠打造一批木柜子，形式类似于现在的邮箱，上面有一个可供文书投入的小口，而后将这些柜子下发给各个县乡之中，所有有意向之人皆可投标书入内，但标书之上要由县衙标明标书投入时间，等投标时间结束，便将所有的柜子收回州府衙门，这一过程被称为“实封投状”。
当所有柜子都回来，检查封条与木柜无误后，州府长官便会一齐到场，当着所有人的面进行开箱查验，并允许百姓入堂观看，取其中价最高者中标，如果有两人出价一样，则选取先投标书者为中标人；若中标人反悔，则罚款他出价的10％，并顺晋第二名为中标人。
在中标人选出之后，还要在州府各处进行公示，并昭告所有百姓，欢迎举报是否有徇私舞弊之事；在公示期结束之后，政府会给中标人发一份凭证，证明在此期间内他所收之税皆是出自于政府之令，并且保证即便其他人出再高的价格官府也不会将此权力转让给他人，相当于与官府签订的合同，合同的期限一般是在三年左右。
‘扑买’制度其实就是最早的拍卖，它很大程度上提高了官府的税收水平，但百姓们却遭了殃，中标者自然不是为了帮助官府收税才去参与拍卖，他们也是为了利润，如果中标的税额不太高还好，若是中标额高的离谱，那自然要从这些商家和百姓们身上来榨取回来。
元朝时期，也沿用了宋朝的‘扑买’制度，只不过可扑买的东西变得更多了，后期甚至连土地税和粮食税都可以‘扑买’。
除此之外，窝阔台还下令正式设立仓库并选派司库、司粮官员，以满足国家用度与皇室的支取。
在此之前，蒙古帝国都是打到哪里抢到哪里，国库就建立在勒勒车上，跟着大军到处走。
最后，窝阔台开始改革驿传制度。
驿传制度起源于殷商时期，甲骨文中称之为“驿传”或“车”；至春秋时期，《孟子·公孙丑上》曾记载：孔子曰“德之流行，速于置邮而传命”；秦汉时期，在官道之上以三十里为一中转站建立驿所，并细分为水驿、陆驿和水陆双驿三种；宋朝时则是设立了军邮局，完全归为军用，并加设了急递铺，算是最早的特急送了。
在铁木真建立蒙古国初始，便建立过“站赤”（驿站），但仅限于重要使者用或者军用，丘处机西行之时便是以这些驿站作为中转点才能够安然抵达遥远的花剌子模。
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