自刘秀称帝之后，天下一片混沌，寻常之人，一时之间，自然找不到未来的方向。民间百姓关注的，也只是谁能给予他们衣服、粮食和住所，而不会去关心谁是将军、谁是帝王。真正关注谁做皇帝的，不过是那些王侯将相，王公贵族。他们为求自保，就必须不断地进取。所以至此天下大乱之际，各处纷纷起兵。
即使在更始朝廷内部，无论是小小士人抑或者是王侯将相，都各自暗怀鬼胎，他们从内心深处，都不再拥护刘玄，只是各自的出路，却都有所不同。
眼下，赤眉军一路西进，更始政权的中央政权遭受到赤眉军的沉重打击。眼看大厦将倾，却无一人愿意出来力挽狂澜。并不是他们没有实力，而是他们不愿意再为更始帝刘玄卖命。例如此刻的更始政权内部，张步为求一方诸侯的地位，遂起兵于剧县，李宪为保自己不和刘玄一般衰败，亦占据了庐江，秦丰则盘踞在黎丘四处观望。当然，这之中，尚还有一些原绿林系的将领，为了维持中央政权的稳定，依旧镇守四方，例如朱鲔守卫洛阳，尹尊屯驻郾城，刘赐守备宛城。仅仅洛阳城以及周边的守军，就达到二十万人以上。再加上其余各地的更始军队，兵马总数更是在五六十万左右。如果能够统一起来，再有一位得力的统帅，逐鹿中原之日，他们也未尝不可一问鼎之轻重。可惜他们为了自己的利益，选择各自为战，最终免不了被敌人各个击破的结局。而反观天下大势，除了刘玄、樊崇、刘秀等人具备争夺天下的实力之外。
边陲之地，亦不乏能人异士、实力强横之人，控制着益州、巴郡、牂牁、广汉、犍为、蜀郡、永昌、越巂等地的“巴蜀之王”公孙述，控弦百万、战将千员。
占据着天水、陇西、北地、上郡、安定、武都、西河七郡之地的隗嚣，居高临下、虎视中原；盘踞在河西敦煌、武威、酒泉、张掖、金城五郡的窦融，兵力强悍、战将勇猛。这些人都是当世一等一的枭雄，不仅具有问鼎天下的野心，亦具备夺取神器的实力。
刘玄此刻正处于诸强环嗣的境地，早在迁都长安之前，就有人对刘玄陈述迁都长安的弊病，其间言道，迁都之弊，可见三点。
一者，迁都长安，粮食供应问题难以解决。特别是脱离了河北、河南等地，天下粮仓从此距离更始政权的首都千里之遥，继而拱手让出其在战略上的主动权，使得更始政权在战略上陷入了极大的被动。
二者，豪宅、美女、花花世界，这些曾经都是刘玄为了鼓舞绿林系将领同意西迁长安的砝码，此刻却成了刘玄灭亡的掘墓人，迁都长安之举，使得以绿林军将领为核心的中坚力量迅速腐化蜕变，日益堕落，丧失了进取心，更始政权很快就沉溺在酒池肉林之中，丧失了夺取天下的决心和勇略。
第三，则使得更始政权在控制中原上，远远不如洛阳方便。虽然此刻洛阳依然在更始政权手中，但是“将在外，君令有所不受”。更始政权的中央权力机构，其控制力甚至难以万全渗透到洛阳各处，更何况是通过洛阳虎踞中原、鲸吞天下呢？
当然，对于迁都，刘玄也有他自己的考虑，司马迁就在《上林赋》一文中这样描绘长安为中心的关中各地：“终始灞、浐，出入泾、渭、酆、镐、潦、潏，纡余委蛇，经营其内，荡荡乎八川分流，相背异态。”可见当时关中之地，实在是富庶无比，迁都长安，为更始政权的巩固可以提供强大的助力；与此同时，刘玄也认识到，当时赤眉军太过强大，兵力总数有几百万之多，纵横天下，几乎无人能捋其锋。而反观洛阳四周，一马平川，几乎没有任何险关要隘可守，如果敌人大军攻破洛阳四周屏障，那么洛阳也必将成为别人的囊中之物。只有关中三辅，东有函谷关，西有大散关，南有武关。北有崤关，自古号称为“四塞之国”，故称关中。凭借关中险要关隘，刘玄便可以躲避赤眉流民军的正面攻击。因此，迁都长安不失为一个明智的举动；此外，刘玄一直自诩是刘室正统，自然要和西汉刘氏皇族一般，定都长安，刘玄相信，这样不仅可以保持军事上的不败地位，同时也能取得政治上的优势地位。
在利与弊的权衡之间，刘玄和更始政权的文武群臣最终选择了从洛阳迁都到长安，只是当时他亦有过疑虑，到底迁与不迁，谁对谁错。也许只有历史本身，才能够给予他最为正确的答案。
更始政权败亡似乎已成不可挽回的事情，而加剧这种败亡的，除了更始政权本身的腐败无能、赤眉军的一路西进之外，还有以邓禹为代表的刘秀汉军的西征。更始三年（公元25年）正月，邓禹率领他所挑选的两万精锐部队以及韩歆为军师，李文、李春、程宪为祭酒，樊崇（与赤眉军领袖同名，却不是同一个人）为骁骑将军，耿欣为赤眉将军，宗歆为车骑将军，冯愔为积弩将军，邓寻为建威将军，左于为军师将军的领兵系统，挥军西进。可以说，为了这一场战役，刘秀可谓是费尽心机，大军果然不负众望，很快就突破太行山天险，进入上党郡境内。此后，大军一路凯歌高奏，经历多长或简单、或艰难的战斗，先后攻陷了上党郡内的箕关以及河东郡的首府安邑，邓禹拿下安邑，不仅彻底平定了河东郡全境，还有一个重大的收获，他还得到了一员大将张宗。这张宗不仅骁勇善战，而且精通兵法，正是邓禹西征最为需要的人才，邓禹利用其将才，在战场上奋勇拼杀，加速了这场战役的胜利进程。不久，整个河东郡都归入邓禹囊中。数月之后，由于赤眉军的任意烧杀抢掠，民心渴盼归附，汉军已经招募了十几万军队，并在衙县与守城的更始政权名将，即中郎将、左辅都尉公乘歙的十几万军队交战中，大获全胜。
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