莉萨重新认识了在虹之谷生活的人类和机器人，并带领他们反抗威利的计划，不过威利操控巨大机器人威胁，被独孤刀剑操控的超级非想天则击败。独孤刀剑便和艾克斯以及杰洛杀入了托比亚宫殿。
这时候独孤刀剑因为没有装备机械装甲，因此只能依靠艾克斯和杰洛的通讯和艾莉雅联络。
艾莉雅说道：“艾克斯，杰洛，听得见吗？”
艾克斯回答道：“我听见了，威利好像是在宫殿的一间驾驶室中。”
艾莉雅说道：“不，威利已经开始移动了，他手里还有人质，正想要把她带去改造工厂。”
杰洛惊道：“留琴……”
艾莉雅说道：“目前你们必须在五分钟的时间内追上他，他的目标就是机器人改造工厂。”
艾克斯回答道：“明白了。”
艾莉雅说道：“祝你们好运。”
独孤刀剑问道：“怎么了，杰洛哥？”
杰洛说道：“威利准备亲自带着留琴放进改造工厂。”
独孤刀剑说道：“我们得必须行动了，要把留琴姐姐救出来，艾克斯哥哥，现在艾莉雅姐姐怎么说？”
艾克斯回答道：“以我们现在的速度还是能赶得上的，不过现在威利即将到达改造工厂至少需要花上五分钟的时间。”
独孤刀剑说道：“那我们立刻出发，务必救出留琴姐姐。”
艾克斯说道：“我们走！”
艾克斯和杰洛两人高速滑行，而独孤刀剑则是高速飞行，遇到每一个托比亚兵，艾克斯用能量炮射击，杰洛用光线剑战斗，而独孤刀剑则是拿出戈贝尔枪变化而成的多功能步枪射击，顺便还用步枪上的枪托砸坏机器人。
艾克斯说着：“你的战斗方式……有点像艾克赛尔呢。”
独孤刀剑说道：“是吗，我怎么觉得不太像呢。”
艾克斯说道：“一会儿是用剑，一会儿就是用枪，你拿枪的样子就跟艾克赛尔有点像呢。”
独孤刀剑心里冒汗：“这是重点吗？！”
只见艾克斯聚集了超高的能量，蓄力发射出巨大的能量炮弹。贯穿消灭了前方的托比亚兵，同时，杰洛用能量炮和光束剑杀敌，也消灭了不少地面托比亚兵，而独孤刀剑用多功能步枪射落了附近飞行过来的托比亚兵。
这时候，艾莉雅传来消息，说道：“离威利逃脱还有四分钟，请注意掌握时间。”
独孤刀剑想着：“看样子挺吃紧的啊。”
此时在外面，莉萨等人保佑着：“希望能很快抓到威利……”
很快的，独孤刀剑三人迅速追击，这时候独孤刀剑三人发现了一台控制装置。
艾莉雅说道：“艾克斯，请等一下，这个控制装置是威利操控托比亚兵的最重要的设备，破坏它可以停止所有托比亚兵的行动。”
艾克斯答应道：“我明白了，我试试看。”
说着，艾克斯聚集了能量，蓄力发射了巨大的激光炮弹，击中了控制装置，此时控制装置连环爆炸，所有的托比亚兵突然短路，陷入了瘫痪状态。
独孤刀剑说道：“这么一来，没有能阻挡我们的敌人了，抓捕威利就更简单了。”
离威利逃脱还剩下一分半的时候，独孤刀剑看到了他，并向艾克斯和威利指示。
独孤刀剑说道：“看到威利了！留琴姐姐在他手上！”
独孤刀剑、艾克斯和杰洛三人以非常迅速的手法，三人将威利团团包围，用枪炮瞄准了威利。
艾克斯大喝：“不许动！快把留琴放下！”
威利把剑刃架在留琴的脖子上，说道：“你们才是，留琴现在在我的手上，你们谁敢往前一步！我的剑发出的激光可以将她完全分解掉！”
独孤刀剑说道：“我劝你还是乖乖地束手就擒，你所控制托比亚兵的装置已经被我们破坏了，如今重归于莉萨姐姐的命令，一切就结束了！”
威利说道：“那又怎么样？”
只见威利拿出遥控器按下了开关，在场所有的人，包括威利本人在内，瞬间被关入了一枚火箭之中。
威利大笑道：“哈哈哈～你们上当了，这艘火箭还有十分钟的时间，就会飞向外太空后爆炸，就算你们找到了我，我也要和你们同归于尽！”
独孤刀剑双眼突然射出涅法雷姆激光，射中了威利的身体，此时威利已经彻底晕倒。独孤刀剑用步枪上的激光刺刀斩断了绑在留琴身上的绳索。这时候轰隆一声，城堡的一个开口打开，独孤刀剑等人所在的火箭开始升空。
莉萨惊喊道：“啊……刀剑！！”
薇薇特惊喊着：“留琴！！”
此时，艾莉雅的通讯传到了艾克斯的耳中。
“艾克斯，再这么下去，火箭会被惑星吸引过去，会因此而产生冲撞。”
艾克斯说道：“这台火箭的系统已经无法再操纵了，帮我联系一下莱特博士！”
这时候，莉萨等人已经赶到托马斯家中，托马斯透过视频通讯，和火箭的视频连接。
独孤刀剑说道：“出现了！”
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