杨广首征高句丽，于仲文率军直指乐浪道，部队驻扎在乌骨城，于仲文挑选瘦弱的马、驴几千头，放在军后，接着率部往东。高句丽人出兵袭击他的后部，于仲文回军打击，大破高句丽军。到鸭绿江，高丽将领乙支文德诈降，来到于仲文的军营，于仲文早就接到密旨，如遇到高元和乙支文德，一定要抓住。到这时，乙支文德来了，于仲文将要活捉他，当时尚书右丞刘士龙任慰抚使，坚持劝阻他。
于仲文于是放了乙支文德，接着又后悔，派人骗文德说：“还有话要说，你可再来一下。”文德不听，于是渡江。于仲文选拔骑兵渡江追他。每次作战，必破敌军，乙支文德送诗于仲文说：“神策究天文，妙算穷地理。战胜功既高，知足愿云止。”于仲文回信叫他投降，文德烧掉军营而逃走。当时宇文述因粮尽想退军，于仲文说要以精兵追杀乙支文德，可以立功。
宇文述坚持阻止他，于仲文发怒说：“将军率十万之众，不能破小贼，有何脸面见皇上？而且这么一退，我于仲文此行，就无有战功了。”宇文述也厉声说：“何以见得无功？”于仲文说：“过去周亚夫为将时，看见天子，军容不变。这是因为决定权在他一人手里，所以他能功成名就。现在我们却人各一心，怎能赴敌？”起初，炀帝因于仲文有谋略，下令各部听他节制，所以仲文才有这番话。因此，宇文述等人不得已而听他的，于是前行。
往东到了萨水，宇文述以士兵饥饿为由而退回，所以隋军失败。杨广把这事交给有关部门处理，诸将都把罪过推给于仲文，杨广大怒，放了诸将，独关于仲文。于仲文忧愤发病，病很重了才出狱，后死在家里，时年六十八岁。于仲文撰有《汉书刊繁》三十卷、《略览》三十卷。有九个儿子，于钦明最有名。
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