其间虽有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之际，内阁在已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。
正德年间，明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。可也有有杨廷和等干练之臣掌握内阁，所以大明在正德年间没有发生什么大乱。
明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。明代之内阁大学士虽无宰相之名，实有宰相之权。到嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年，内阁的权力已经完全与从前的宰相一样了。
到万历皇帝后，因万历皇帝登基时只有十岁，依靠内阁首辅张居正辅政，内阁首辅张居正实际上成为大明实际上的政务决策者。
他把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。给幼年皇帝的批红，他是皇帝的老师，批红自然毫无问题，如此一来，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的“批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致，他也是明朝内阁最有权势的内阁大臣。
万历后，皇帝大多数不理会朝政，但内阁中人才济济，只要给予内阁权力，皇帝再怎么潇洒都无所谓（如隆庆帝）；而内阁权力被虚化，被剥夺（如大明崇祯十七年换五十二任内阁），那就是再勤政也是要误国！大明朝时，即使皇帝不上朝理政，国家机器也能依靠一班大臣和一整套政务流程维持正常运转。清朝则与明朝不同，大臣们只是奉命办事，皇帝则往往是把权力全部抓在自己手中，因此**成为大多数清朝皇帝的特点。
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