后妃出轨
孝文帝迁都洛阳后，一直忙于南征，经常不在皇宫，孝文帝的第二任皇后冯妙莲实在受不了。冯妙莲在家养病时，一个医生叫高菩萨帮她治疗过，互有好感。她又想起了这个男人，让心腹把他悄悄带进宫，谎称宦官，从此两人寻欢作乐。孝文帝一直蒙在鼓里，偶尔回来一次，还册封她为皇后，然后又带兵上前线了。
后来彭城公主告发了冯妙莲淫乱后宫的事。孝文帝正在病中，一听如五雷轰顶、天旋地转，派人回洛阳悄悄调查。孝文帝身体本来就差，经此重击，更加虚弱。孝文帝杀了高菩萨等人，但只和冯妙莲分居，没有废黜她。
太和二十三年（499年），孝文帝带病南征，在军中突然病倒。他自知不免一死，对两个弟弟彭城王元勰、北海王元详交代了后事，又嘱托说：皇后不守妇道，我死以后，她恐怕会干预朝政，你们去让她自尽，找个其他地方，以皇后之礼安葬吧。孝文帝病逝后，北海王元详带着白整来到冯妙莲的住处，送上了一杯酒，冯妙莲饮后身亡，谥号幽皇后。
家族成员
家世
祖父：文成帝拓跋濬。
亲祖母：孝元皇后李氏。
嫡祖母：冯太后。
父亲：献文帝拓跋弘。
母亲：李夫人。
同辈
兄弟
二弟元禧，字永寿，封昭仪所生。太和九年（485年）封咸阳王，景明二年（501年）谋反赐死。
三弟元干，字思直，韩贵人所生。太和九年（485年）封河南王，后改封赵郡王，死于太和二十三年（499年），31岁。
四弟元羽，字叔翻，孟椒房所生。太和九年（485年）封广陵王，景明二年（501年）因淫乱被人殴击而死，32岁。
五弟元雍，字思穆，韩贵人所生。后封高阳王，孝昌三年（527年）于河阴之变被杀。
六弟元勰，字彦和，潘贵人所生。太和九年（485年）封始平王，后改彭城王。永平元年（508年）因受构陷被处死。
七弟元详，字季豫，高椒房所生。太和九年（485年）封北海王，正始元年（504年）废为庶人暴死。
姐妹
常山公主。
乐浪公主。
彭城公主（孝文帝第六妹）。
乐安公主。
高平公主。
后妃
废后冯清，冯太后侄女，冯润妹妹，后被废，被废后到瑶光寺出家为尼。
幽皇后冯润，初入宫为贵人，后出宫养病，再入宫，冯清被废，立为皇后。昭仪冯氏，冯润之妹，早薨。
贵人高照容，生宣武帝元恪，暴病而薨，或说为冯润杀死。元恪追尊为文昭皇后。
贵人林氏，生废太子元恂，被杀，追谥为贞皇后，后来被追废庶人。
贵人曹氏。
夫人罗氏。
夫人李氏，大臣李冲之女。
嫔赵氏。
嫔郑氏，父郑羲。
嫔郑氏。
嫔王氏。
嫔崔氏。
嫔崔氏。
嫔韦氏。
嫔卢氏。
子女
儿子
废太子元恂，生母林贵人。太和十七年（493年）七月，立为皇太子，十二月被废，次年四月赐死河阳，年十五。
宣武帝元恪，生母文昭皇后高照容。太和二十一年（497年）正月立为皇太子，太和二十三年（499年）四月即皇帝位于鲁阳，是为宣武帝，庙号世宗。
京兆王元愉，生母袁贵人。太和二十一（497年）年封京兆王，永平元年（508年）八月于冀州起兵谋逆，自称皇帝，兵败被执送京师，途中绝气而死，年二十一。
清河文献王元怿，生母罗夫人。太和二十一年（497年）封清河王。正光元年（520年）七月，元叉与宦官刘腾逼迫明帝，幽闭灵太后，囚禁元怿，诬怿罪状，遂害之，时年三十四。
广平文穆王元怀，生母文昭皇后高照容。封广平王。史籍缺载，事迹不详。
汝南文宣王元悦，生母罗夫人。孝武帝初年，遭忌被杀。
殇王元恌，生母郑充华，早夭。
女儿
兰陵公主，次女，嫁刘辉。
淮阳公主，四女，嫁乙弗瑗。
长乐公主元瑛，生母高照容，嫁高猛。
华阳公主，嫁司马朏。
西河公主，嫁薛洪祚。
顺阳公主，嫁冯穆。
始平公主，嫁穆平城。
济南公主，嫁卢道虔。
义阳公主，母赵充华（嫔），嫁卢仲训。
高平公主，嫁高肇。
后嗣
魏孝文帝拓拔宏的后代，分为拓、元、袁三支。拓氏一脉多分布于山西、陕西、河北一带；元氏一脉人数较少，湖南临湘及江西抚州一带均有后人存在；袁氏一脉在湖北、四川有分布（字派有“德、光、基、庭、邦”者即是）。
后世纪念
魏孝文帝长陵位于洛阳城西北约15公里处孟津县朝阳镇官庄村邙山之颠。此处存大小冢各一，大者高35米，底部周长141米；小者高23米，底部周长110米。两冢相距约100米，当地俗称“大小冢“。分别为高祖孝文帝长陵和文昭皇太后之陵。
史籍记载
《魏书·帝纪第七·高祖纪上》
《魏书·帝纪第七·高祖纪下》
《北史·魏本纪第三·高祖本纪》
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