参谋司下属的各个机构还负责兴汉军的所有与军事相关的事情，包括征兵、训练、情报、军备、后勤、作战、人事、抚恤安置等各个方面，除了军事人员，还有很多的文职军官。幸亏这几年鲁若麟在军队中大力推行教育，一些有学习天分的士兵得以初步成才，可以参与文职工作了，否则这个庞大的机构根本运转不起来。
以前这些文字工作都是由其他部门代为负责处理的，现在鲁若麟将军事部分单独划分开来，即保持了军队的独立性，也减轻了文职部门的负担，责任和权力更加明晰，办事效率更高。
军队的编制也重新进行了整编，三个营为一团，加上直属警卫连等合计1000人；三团为一旅，加上直属警卫营等合计3500人；二旅为一师，加上直属警卫团等合计8000人。师之上为军，没有定制。
兴汉军全军分为水军一个师，辖三个旅，合计人；陆军五个师，辖九个旅，合计人；其中包含鲁若麟的近卫水师一旅、近卫陆军一旅。另外还有独立的侦查一团、后勤一团、炮兵一旅，全军合计为余人。
鲁若麟为兴汉军大都督、总兵、军长，统辖全军；
王大海为兴汉军副将、副军长、水师师长，辖水军一、二旅。一旅旅长何海，二旅旅长孙溥；
孙富贵为兴汉军参将、陆军一师师长，辖陆军一、二旅。一旅旅长黄济（驻天津），二旅旅长沈清；
金大正为兴汉军参将、陆军二师师长，辖陆军三、四旅。三旅旅长许汶，四旅旅长韩希文；
朴正焕为兴汉军参将、陆军三师师长，辖陆军五、六旅。五旅旅长孙什，六旅旅长傅汝霖；
周永胜为兴汉军参将、近卫师师长，辖近卫水师一旅、近卫陆军一旅。近卫水师一旅旅长王珏，近卫陆军一旅旅长娄宪；
王德川为兴汉军参将、骑兵师师长，辖骑兵一旅、二旅。骑兵一旅旅长左龙（日本人），骑兵二旅旅长谭震；
曹天养为兴汉军参将、镇抚司司长，统辖全军各级镇抚人员；
卢千奇为兴汉军游击将军、情报司司长，统管天津全军侦查部队的，辖侦查一团，团长刘家旺。
王福来为兴汉军游击将军、后勤司司长，统管全军后勤，辖后勤一团，团长高福。
卢宪为兴汉军游击将军、炮兵一旅旅长，统管兴汉军炮兵部队。
炮兵一旅为新组建部队，旅长卢宪是鲁若麟的老兄弟，精于火炮射击，后来经过鲁若麟的系统培训，对火炮更加精通了，这次也被鲁若麟任命为炮兵部队的长官。
兴汉军体系中旅长为游击将军、团长为千总、营长为副千总、连长为百户、排长为总旗、班长为小旗，从上到下建立了严谨的等级制度，有了完整的晋升通道和指挥体系，使得战时更加便于指挥。整个兴汉军中绝大多数为汉人，还有部分归化的日本人和朝鲜人。
除了陆军一旅黄济部、水师一旅一团驻天津外，白翎岛驻扎有水师一旅二团、三团，陆军第二师全部，其他的都驻扎在济州岛。
完成整编后的兴汉军各部需要重新熟悉自己的部队，完成磨合，所以日常的工作就变成了训练加演习，尽快形成最强的战斗力。
有了这次整编，为各部队搭建好了框架，军队已经有了自己的体系，以后兴汉军再进行扩充时就更加容易和简单些，不需要鲁若麟什么事情都去管了。
政务这块鲁若麟也趁机会进行了改组，以前的临时班子已经不太适合目前的情况了，需要更加细化权责。
具体的调整为：
刘雅婷为教育司司长、妇联主任；李雪晴为办公厅秘书长、罗瑞峰为税务司司长、孙旺财为农业司司长、周智孝为商业司司长、宋怀仁为工业司司长、万金山为建设司司长、黄临山为民政司司长、监察司司长朱朝卿（原锦衣卫）、警察总局局长何大成（已从松江调回）、人事部副部长梅君兰、律法司司长张凤仪等。
因为济州岛人员越来越多，各种纠纷也变得复杂起来，光靠警察局已经不能完全处理民间的各种矛盾，毕竟警察局更多的职能在维护治安打击犯罪，一些民事的官司就需要有专门的部门负责。
在大明，一般都是县太爷负责全部的官司，济州岛没有县太爷，那么这些官司就需要有人审理，总不能让鲁若麟去坐衙审案吧。所以鲁若麟顺应民意建立了这个法庭，专门审理各种案件。以前在警察局的判决权也收归了法庭，相当于法庭代表鲁若麟行使了判决权。
张凤仪是江南来的女官，父亲是大明的提刑官，从小耳濡目染，对大明的刑律非常感兴趣，也深有研究。可惜因为是女子，不能袭承衣钵，只能自娱自乐，闲时与父亲交流探讨一下，很是帮父亲解决了一些疑难杂案。她的父亲时常感叹她可惜不为男儿身，否则必有一番作为。
后来父亲被上官诬陷，身陷牢狱而亡，她也被判入了教坊司，后来被富商买来送到了济州岛。了解到她的情况后，鲁若麟如获至宝，与她做了很长时间的交流，以大明的刑律为蓝本，结合济州岛的实际情况，加上鲁若麟的后世理念，专门制定了济州岛的各项法律和规章制度。使得济州岛法制水平大大提升，执法的公平性也得到了民众的认可。
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