除此之外，为更好地将中枢的政策落实到各地，同时避免七司专权瞒报，秀保还在七司之下陆续设置了赋别、安堵、官途、寺社、普请、锻钱、贡举、检使、目付、护卫、造营、宿驿等十二所，选取心腹家臣及亲近大名家中宿老重臣担任奉行，负责政策的切实执行，并将执行情况及时向七司和九曹反馈。
如此一来，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的强压下，于会津之战的第二年，即庆长六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好领内事务进驻伏见城办公，十二奉行也在随后的三个月中陆续赶来伏见，接受秀保的任命和安排。
有人说，“七司九曹十二所”是对丰臣秀吉制度的推翻重来，是秀保强化自身权力的一项强有力的举措；也有人说秀保还是顾及了丰臣宗家的颜面，七司判中除了后藤基次，皆为受过太阁恩典的大名，且十二所仍以“奉行”为首，也算是变相保留了“奉行”之职，对宗家和尾张派也算是有所交代。
可事实上，此处的十二奉行与当初总揽中枢大权、动辄可以调动千军万马的五奉行相比，实在不值一提，奉行的职责也从主动地决策指挥变成了被动地执行。
不仅如此，名义上七司取代了大老奉行的地位，成为新的决策机构，但在九曹和十二所的压制和牵制下，他们的权力遭到很大地限制和削弱。特别是随着秀保在各地势力的不断深入和巩固，九曹的权力大大增强，秀保一手扶植的十二所也对七司阳奉阴违，从接受七司的命令逐步转变为接受秀保的直接领导。
因此，后期七司权力逐渐萎缩，职能也由决策机构变成了咨询机构，近乎成了可有可无的存在，不少司判自觉驻留伏见无可作为，便向秀保申请返回领地，致使七司时常出现空缺，这更是加速了七司的衰落，助推秀保势力的壮大。中途，虽有片桐且元等人坚持维护七司的权威，但无奈大势已去，最终难有起『色』。
当然，这些都是后话了，至少在“七司九曹十二所”刚成立时，不论是丰臣宗家还是各地大名大都还是认可的，毕竟有前车之鉴，谁也不希望再出现一个能左右国家政策、架空宗家的机构出现，将权力进行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情况下不得已而为之。鲜有人意识到，这个制度的背后，是秀保权力的进一步膨胀，昔日五大老、五奉行掌握的决策权，正潜移默化地转移到秀保一人手中，与此同时，他身后的暗流似乎也更加汹涌了。
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