北路军打垮了清军江北大营，任务远未结束。淮北一带，还有另外一个棘手的敌人：捻军。
若说是敌人，也并不恰当。因为大部分的捻军都是反清的，算是复兴军的天然盟友。但捻军是民间传统武装，带有根深蒂固的落后性，与复兴会的纲领格格不入。复兴会要想皖北、江北建立稳固的基层政权，必须除去捻军。
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北路军攻破江北大营后，与并肩战斗的捻军发生了一场严重的冲突。事情虽然平息了下来，却传到了吴捷耳朵里，促使他下定决心：必须彻底收编捻军，平复淮北。
当时，北路军猛追江北大营败兵。一部捻军擅自违反军令，前往清江浦劫掠。
清江浦是满清南河总督驻地，位于今淮安市主城区，是京杭大运河畔的商业重镇，有一条二十里长的沿河街市。满清朝廷在清江浦设有皇仓，专门储存粮食，隶属于户部，还有四大造船厂，隶属于工部。
复兴军在此驻有一个营的兵马。两千多个捻军打算抢劫清江浦的街市，被复兴军阻拦。双方擦枪走火，爆发了严重冲突。
事件导致三十四名复兴军人阵亡，捻军则担心受罚，连夜逃往北方，背叛了复兴军。
吴捷闻知此事件后，愤怒不已。他早年做太平军大将，还被捻军围困过。
捻军一向唯利是图，首鼠两端，吴捷对他们素无好感。
但捻军是一个复杂的群体，有张乐行、龚得树这样的行侠仗义之人，也有李昭寿、刘饿狼那样的见利忘义之徒。
要对付捻军，必须循序渐进，不能太过着急，防止他们狗急跳墙，倒向清军阵营。
捻军起源于“捻子”。“捻”是淮北方言，意思是“一股一伙”。捻子亦民亦匪，所谓“居者为民，出者为捻”，农忙为民，农闲为捻。
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1851年，捻子在豫南聚众闹事。
1852年，皖北大旱，入捻农民增多。当年，捻众在安徽亳州雉河集歃血为盟，推张洛行为盟主，起义抗清，号称“十八铺聚义”。
1855年，黄河决口，淮北一带洪水滔天，农民流离失所，被迫入捻。淮河南北，遍地皆捻。当年秋，各路捻军会盟，亳州、蒙城捻军推张乐行为盟主，正式组建捻军，建立黄、白蓝、黑、红“五旗军制”。
1856年，张乐行接受太平天国封号，但拒绝收编，“听封不听调”。
1857年初，黄旗主张乐行、白旗主恭得树等人主张南渡淮河，配合复兴军作战。其他各旗反对。张乐行一怒之下，袭杀了很多反对者。尽管如此，其他各旗主仍然带着各自的捻军返回淮北。
雷振邦是左七军第三师师长，兼任安徽军政委员会的主任。第三师不断抽调兵力支援前线，雷振邦亦无力约束淮北一带的捻军。
在淮北，即便有些县城已经被复兴军占据，大乡村却仍是捻军的地盘。
雷振邦派出了很多军队、土改干部支援两湖，在淮北无力开展土改，也不便与捻军激化矛盾。
很多捻军在复兴军、清军之间首鼠两端，复兴军强时便投靠复兴军，清军强时便投靠清军。
譬如，捻军出身的李昭寿，一度割据滁州。此人毫无底线，在太平军、复兴军、清军之间左右摇摆，臭名昭着。曾国藩曾一针见血地评价他“暴戾险诈，最难驯驭”。
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除了捻军，淮北还有大量的地主团练，以抵御捻军为名，行割据地方之实。
最典型者莫过于苗霈霖。苗霈霖人称“小周瑜”，以“筑寨”、“积粟”、“治兵”为方针，势力迅速膨胀。他一度割据皖北，在太平军、清军、复兴军之间左右逢源，占据临淮、颍上、寿州等滨淮地区。
不管是捻军还是地主团练，他们都取得了当地基层政权，控制了当地社会。
只要本地的农民加入当地的捻军或者团练，就可以得到捻军或者地主团练的保护，官府不能收税，盗匪不能侵扰。他们还插手基层纠纷，代行官府之权，百姓为之信服。
清军占据皖北重镇，派官差向当地农村收取赋税。捻军和地主团练就发起“抗粮杀差”，袭杀官府派来的粮差，使官府威信荡然无存。
尤其是捻军，已经严重危及复兴会对淮北农村的控制。不除掉捻军，复兴会就不能在淮北建立稳固的基层政权。
历史上，捻军在长期抗清作战中，形成一套独特的流动战法，常能克敌制胜。就连威名赫赫的僧格林沁，也死在了捻军手下。
捻军给清朝统治以沉重打击，但也给北方的老百姓带来了深重的灾难。
僧格林沁死后，清廷派曾国藩平捻。曾国藩以平定太平天国之余威，在剿捻问题上却屡遭败绩。后来，左宗棠与李鸿章联手，左宗棠平西捻，李鸿章平东捻，总算剿灭了捻军。
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