南都大学设立文、理、工、医、法五个学院，参照柏林大学模式建学。原有低层次的、实务性的学科剥离，另行成立专门职业学院，只保留较为高级的学科。
南都大学将与九江科学研究所、复兴学会两大科研机构合作，为复兴事业培养高层次的人才。
复兴学院继续为复兴会培养领导干部，九江行政学院为军政府培养各方面的行政干才。
（三）继续加强军事教育。
军事教育自成体系。
为军人子弟开设专门的少年军校，面向六岁至十二岁的军人子女、领导干部子女、社会优秀苗子。
成立陆军士官学院、水师士官学院，着重为军队培养士官人才。
继续保留、加强陆军学院、水师学堂两大军事教育机构，拔高炮术、军事测绘、蒸汽轮机管理、水文、气象、导航等学科。
（四）加快发展师范教育。
推动教育改革，必须要有一支可靠的教师队伍。
九江实务学堂原设有师范教育系，于1855年初独立，成立九江师范学院。九江师范学院主要培养公学校长、中高等教育教师。
除九江师范学院外，另设若干初级师范学校，为各级公学培养初级教育老师。
三、筹措教育经费，保障教师待遇。
吴捷要求，教育经费不得少于国民总收入的百分之三。相比满清的税收政策而言，江西全境的税负已经处于较高的水平。
但满清国民收入主要集中在地主阶层，税收负担却在农民阶层。就工人和农民等国民主体来说，目前的税负仅为满清时期的一半水平。
换句话说，军政府依靠武力，把原本属于地主阶层的收入转移到了政府身上。从此，军政府可以从社会中汲取更多的资源，用于再生产、教育、公共工程等公共事业。
另外，以中兴公司为代表的新兴企业创造了巨额利润，可以支撑军政府的财政扩张政策，进而为教育改革提供充足的经费。
吴捷还着力提高教师的社会地位和经济待遇，让教师成为社会尊敬的职业。
教师上岗前必须通过教师资格考试，接受军政府教育局的定期考核，严格遵照军政府的教育思想、教育政策、教育内容开展教学工作。
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