紧接着，吴捷开始介绍军队改制问题。时局正乱，复兴会最大的力量便是军队。只有建强军队，复兴会才能发展壮大。而要建强军队，非改革军制不可。
一开始，吴捷便论及改革军制的重要性：
“明末时，满洲八旗起于东北苦寒之地，却最终打败火器先进、人马充沛的明军。何也？军制优良也。我们抛开明军不足，单讲八旗军制优越性，诸位能讲一二吗？”
李珊元受命帮办重组复兴会，大受鼓舞，有心在众人面前逞能，抢先说道：
“八旗将士自幼尚武，在马背上长大，以渔猎为生，天生便是合格的战士。他们全民皆兵，平时散居为民，战时合而为兵，虽然人少，但能以一当十，故而能够战胜明军。”
吴捷点点头，说道：“李珊元所说不假，但依我看，八旗之所以能够以一当十，主要还在于他们的‘牛录’制度。牛录为八旗基层单位，以血亲、家族、村寨为纽带。这种血缘上的亲密关系，辅之以尚武精神，使得八旗迸发出强大的战斗力。
“时至今日，八旗腐懦不堪，以二十万之众，散之于全国大城市之中，早年为兵民合一，如今已经兵民不分，兵弱于民了。绿营更已朽烂，以六十万之众，要守卫城池、管理监狱、缉捕盗贼、巡护河堤、保护运河、押运漕船、守护仓库……
“太平军之所以能够屡胜八旗、绿营，很大一方面原因在于军制优越。我们要想在太平军中一枝独秀，就得想办法创造最先进的军制，再辅之以复兴会，则可天下无敌矣。”
有人对此提出异议：“咱们改革军制，动作如此大，会不会招惹天京方面猜忌？”
立马就有好些人反对他：
“太平军中的天地会部队，基本都处于半独立状态。那个花旗军，连旗帜都使用天地会的旗帜，洪秀全、杨秀清可曾管过他们？”
“九江天高黄帝远，怕他作甚！”
“欲建非常之功，必行非常之事。不改革军制，不足以壮大我军。”
“只要将士拥护、百姓拥护，就算洪杨心里恼火，也管不到咱们！”
“洪杨势同水火，各地战事仍频，他们管着了咱们吗？”
……
吴捷止住大家，说道：“同志们，改革军制势在必行。九江与镇江不同，离天京很远，附近敌人不多。现在战事不急，正是咱们大展拳脚之时。”
大家屏气凝神，认真听吴捷介绍此次军制改革要点：
第一，复兴会绝对掌握军权。军权不归个人，归于复兴会。为确保复兴会绝对控制军队，要在军队各级建立复兴会支部，支部要建至基层连一级，要建立军事主官、复兴委员双首长制。这是此次军制改革的核心要点，要与改组复兴会同步实施。
第二，改行新编制。废除原太平军编制，改行新编制，使用军、师、团、营、连、排、班七级编制。原则上使用三三制，一支部队下辖三个分队。
一军辖三师，一师辖三团，一团辖三营，一营辖三连。
连是部队的基层单位，是军队建设的关键，复兴会支部要建在连一级。一连下辖三排，每排下辖三班。一班十人，一连可达一百人。
团为基本作战单位，可以单独到一地执行任务。一团辖三个主力营，另外配属侦察连、骑兵连、通信连、炮兵连、工兵连、特务连等直属部队。
师为战役级单位，可以单独组织一场战役，享有相当大的独立指挥权。
第三，完善指挥系统。团以上设置指挥机关，分为参谋部、政工部、保障部，直接为军政首长服务。
参谋部负责作战指挥，下辖侦察科、作战科、通信机要科、军务科等，首长称参谋长。
政工部主抓复兴会支部建设，下辖组织科、宣传科、干部科、教育科、纪检科等，首长称主任。
保障部负责后勤装备保障，下辖后勤科、军械科等，首长称部长。
第四，陆军、水师分立。陆军番号为左七军、水师番号为右二军，对外仍称太平军左七军、右二军。
左七军、右二军受复兴会总部直接领导。
左七军辖三个主力步兵师，另有炮兵团、骑兵团、工兵团、侦察营、特务营、通信营等直属部队。
冯桂芳任军长，邹世安任复兴委员，参谋长为卢波克。一师师长为徐琛，二师师长为倪云鹏，三师师长为雷振邦，各自兼任复兴委员。
倪云鹏是九江本地人，之前任左七军斥候总管，此次吴捷特别把他超拔为师长，成为一方大员。
水师这边，右二军军长为史潘西，复兴委员为张允华，参谋长为崔克。崔克为米国人，海军军官出身，与史潘西相熟，四十岁，参加过欧洲海战。
右二军下辖三师，一师以崔克兼任师长，主水战。二师以杨易峰为师长，主登陆作战。三师以晏仲武为师长，主船运。
晏仲武船民出身，在湖南岳州加入了左七军。
右二军另有九江码头、修船厂、姑塘造船厂等附属机构。
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