由于LOGOS对遥远的后续计划上尚有利用代价，因此秘银并未对其举行武装清算，反而暗中对其举止举行了分泌和帮忙——地球联合方面，欧文大总统在任期届满以后，与LOGOS关系亲切的约瑟夫·科普兰德被选为了新一任大总统。
至于P.L.A.N.T方面，帕特里克由于被断定为精力停滞而在公开审讯之中免去极刑，但是将被毕生监禁。
同时被阿斯兰重组的新萨拉派借助P.L.A.N.T公家不满于尤尼乌斯七公约的感情对克莱茵派发难，P.L.A.N.T开始了猛烈的政治斗争，最后在半斤八两的两边的迁就下，西格尔辞去了临时议长地位，由吉尔伯特·杜朗达尔当选为新一任评断会的议长。
神罗公司出于人性主义考虑，公开汲取了包含罗德尼亚钻研所在内的一系列被暴光出来的秘密试验室，全部的强化人都将被收容到天之御柱并由别的中立组织监督神罗的安设计划——但是此时包含废料收购商在内的全部中立组织已经被秘银兼并！
至于天人武装，在和平公约签订以前连续转战各地对种种把稳战斗举行武装干涉，闯出了诺大的名声，但是也上了两边权势的黑名单。
在和平公约签订以后，草薙号回归了已经是秘银地皮的奥布，永恒号则被留在碎星带的挪动天地基地之中，最后的大天使号则在已经被姬光拐进指引社的蜜纳的和议下，驻守在了天之御柱并在最新建立的神罗试验室的帮助下举行着一系列的革新事情……
广袤的平静洋深处，名义上，属于护卫伞公司的一处大型海底基地——
“第二重防地已经沦陷！”
“第一重防地呢？！”
“环境不明，全部的监督设备都被毁坏了！”
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