在得到了国内援军的支援之后，日军对于邦板牙人的战斗便立刻变得血腥了起来。此前日军的作战目的，主要还在于迫降土人叛『乱』者，恢复地方的秩序，好即刻恢复生产。但是当日军进入了邦板牙人的传统居住地之后，失去了四海贸易公司代表约束的日军，立刻将战斗变成了对反抗者的屠杀。
在这些来自日本国内旧武士出身的军官眼，这片富饶的土地让这些愚昧的土人占据着实在是太浪费了。特别是他们已经获知，在这场战争结束之后，日本将会在吕宋岛获得一片土地作为战争赔偿后，便开始有意识的对土人进行了清理。
向来自诩勇敢的邦板牙人，在装备了先进枪炮的日军面前，这种野蛮人的勇敢只会带来整村整村的灭绝。和人口数量不足的西班牙殖民者相，日本人根本不在意是否留下一些土人来为自己耕作劳动，他们对邦板牙人开发出来的土地更感兴趣。
在连续十多个村子的被屠杀之后，邦板牙人终于意识到，和日军的凶残相，西班牙人和国人的统治简直可以称的是仁慈的。邦板牙人在西班牙人和国人之间并没有选择谁的权力，他们要么接受统治，要么选择死亡。
当日军从三个方向包围了甲万那端之后，邦板牙部族联盟的首领们终于决定向四海贸易公司投降，以获得公司的保护。只有极少数部族首领因为反对投降退出了联盟，带着自己的部族迁移到了东北方的崇山峻岭之。
真田幸昌和『毛』利胜家并没有在甲万那端多加停留，他们留下了一个联队驻守此地之后，便带着主力沿邦板牙河而下，直接扑向了马尼拉湾，准备一鼓作气将马尼拉王城边的内湖平原也拿下来。
12月份，日军2个联队2千余人首先抵达了马尼拉东北约10公里处的马里基纳河边。马里基纳河是流经马尼拉王城巴石河游的一支分流。渡过了这条河流，南方便是西班牙人经营了百年的内湖平原，也是菲律宾殖民地的精华地区。
不过当日军预备搭建浮桥从此处渡河时，马尼拉城内的西班牙人终于忍耐不住了。和美洲殖民地的社会结构差不多，马尼拉城内虽然有着万人，但是从国内而来的半岛人只有八百余人，其次是2千多土生白人，接下来是西班牙混血人口和其他欧洲人，还有为他们服务的黑奴。
和30多年前相，马尼拉王城的人口几乎增长了十倍，这也是科奎拉总督敢于仿效前总督阿库那，试图再一次清理菲律宾迅速增长的华人人口，并企图劫掠华人财富的底气。
但是他没能想到是，和前一次毫无组织的八联华人相，以国家为后盾的四海贸易公司，反应迅速的把一只舰队放在了马尼拉王城的门口，迫使马尼拉的西班牙军队不敢明目张胆的出击。
而西班牙人的帮手邦板牙人，在国人的仆从军日军面前，简直像是一群待屠宰的羔羊，不仅没能撼动公司在吕宋岛的贸易秩序，甚至连自己的地盘都失去了。
在四海贸易公司代表郭庆迟迟没有抵达马尼拉，而日军却先抵达的局面下，科奎拉不得不命令城内的军队和内湖平原的土人部族组成联军，阻止日军渡过马里基纳河南下，以等待郭庆抵达马尼拉王城进行谈判。
日军的一只联队约为1200人，其还装备了一个炮兵队，携带着4门六斤炮。两个日军联队约为2400人左右，而马尼拉这边出动了2500土人、800名火绳枪手和1000名日本侨民。这些日本侨民多为战国时代逃亡海外的日本武士、商人后代，他们对于现在的日本毫无感情，只是效忠于西班牙人。
科奎拉一边派出军队阻止日军南下，一边又派出了使者警告日军的指挥官真田幸昌和『毛』利胜家，声称内湖平原的土人叛『乱』已经为西班牙军队所平息，如果他们敢继续南下攻击内湖地区，是在对西班牙王国宣战，他一定会通过向东协申诉惩罚他们的。
而且马尼拉已经和四海贸易公司代表郭庆达成了结束平『乱』战争的意向，只要郭庆抵达马尼拉，战争结束了。现在郭庆已经登了船只，抵达马尼拉不需要一周时间。科奎拉的使者质询真田幸昌和『毛』利胜家，他们是否打算同时挑衅西班牙王国和四海贸易公司。
西班牙人的威胁欺骗顿时让真田幸昌和『毛』利胜家陷入了狐疑，日军虽然在吕宋岛连连获胜，但是两人知道他们只是在执行公司的命令而已。如果公司和西班牙人达成了什么协议，他们自然是没有勇气去挑战这个协议的。
两人商议了半天，决定还是派个人前往驻扎在马尼拉湾的大明舰队，确认公司是否已经和西班牙人达成了和平协议，至于这只军队则先停留在原地进行修整。
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