于是在金尚宪、沈器远等主战派的激烈抗争下，李倧又反悔暂停了议和。10月25日，因为李倧的反复无常，黄台吉终于下令军队开始进攻南汉山城。山路虽然艰险，但是后金军依然在10内打到了南汉山城之下，将城外山道上的壁垒一一击破。
城内虽然还有一万余人马，但是*、粮食皆已经所剩无几，而后金军却又将红夷大炮运上了山头，瞄准了南汉山城城郑黄台吉这次将领议政金鎏派上了山，做最后一次劝。
过去十日内女真饶饶勇，给城内的主战派官员们留下了极为震骇的印象。特别是当后金将红夷大炮架到了山头，直接瞄准城内的举动，终于让不少官员转变了立场，认为要先向后金屈膝以保全宗社为大。
金鎏向李倧哭诉道：“…事已急矣，不可不请和。”
大司谏尹煌也劝谏道：“殿下身系宗社，若是死于簇，则国家百姓又该怎么办…”
这些主战派官员的纷纷转向，终于压倒了还在期待明国援军的金尚宪、沈器远等人。李倧虽然对着群臣哭泣着：“三百年血诚事大，受恩深重，而一朝将为臣妾于讐虏，岂不痛哉?”但他很快就命令崔鸣吉前去和后金交涉投降的一干事宜。
在崔鸣吉将要出山城前，沈器远跑来拉住他的马缰绳道：“崔判书，你这么一去，今后大明问责下来，我朝鲜又该如何应对？皇帝陛下英明勇健，岂能容忍我们朝鲜背叛大明？崔判书你不要忘记了，此刻江华岛还在大明军队的护卫之下，殿下若是投降，岛上的大妃、世子、大君他们又该如何自处？”
崔鸣吉脸『色』未变，只是叹了口气道：“南汉山上的松树凌霜傲雪，不为狂风所折，令吾辈心生向往。但是朝鲜却不是松树啊，我们只是一株柔弱的草，面对狂风需要及时弯腰才能生存下去。
后金也好、大明也好，都是朝鲜不能抵抗的大国。我们根本没有选择站在那一边的权力，顺应命，向强者低头，才是保全国君和百姓的道路。沈参判你到现在还不明白吗？如果真有所谓的大明援军的话，我们又怎么会被后金军包围在这里？”
沈器远的手从马缰上滑落了下来，崔鸣吉催动了坐骑从打开的城门走了出去。十一月一日，后金军在汉城东南面的汉江三田渡设坛接受朝鲜王的投降，黄台吉在高台上接受了朝鲜王李倧的三叩九拜。
十一月二日，李倧下令各州县将府库内的存粮和财物一并越汉阳，并要求各州县官员协助后金军队征缴额外的税收。另外，李倧还要求江华岛的妃嫔、世子、大君及两班亲眷返回汉阳。
不过，这道命令很快被祖大寿给拒绝了，他很快以大妃韩氏、昭显世子的名义发布文告，声明朝鲜王李倧现在正被后金军队挟持之下，一切以李倧名义下达的文告和命令，都为无效。在后金军队没有离开朝鲜国土之前，任何人签订的和约都为无效。
此外文告中还号召各道百姓起来反抗后金军队，凡是杀了一名后金兵者，奴婢可以免籍；良民可以获得20元的奖励，官吏可以获得升级的奖励。
大妃韩氏、昭显世子名义的文告和李倧发布的文告互相冲突，有些州县畏惧于后金军队的威势，接受了李倧的命令。而另一些州县则不甘心向蛮夷屈服，认同了大妃韩氏、昭显世子发布的公告。
一时之间，朝鲜各州县内的官民同后金游骑之间爆发了无数型的战斗，大明向朝鲜义兵低价供应的火绳枪，在这样的战斗中发挥了极为有效的威力。就连后金大将舒穆禄·扬古利，也被朝鲜人以火枪击中而亡。
朝鲜义兵的反抗，导致后金诸军终于『露』出了残暴的一面，开始在朝鲜袄内大肆劫掠杀戮，不再顾忌区分两班贵族和平民。这种自发『性』的报复，连黄台吉也阻止不了。不过后金饶杀戮，也终于坚定了朝鲜百姓的抵抗意志，后金军队的伤亡开始日渐增加。
也就在这个时候，黄台吉接到了义州大败，正蓝旗被困义州城内的消息。这个消息让黄台吉无法在汉阳同祖大寿等明军再继续耗下去了，他不得不考虑撤军的事宜。因为明军掌握了大妃韩氏、昭显世子等人，使得黄台吉意识到，朝鲜是无法变成后金的真正属国了。于是他干脆默许了诸军放手劫掠朝鲜，以此来补充后金的元气，至于之后朝鲜会不会再度撕毁盟约，他已经顾不上了。
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